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"（C三S三C）三键结构"
在 Gaussian View 中判断是否是单键，双键还是三键，是根据距离来的，Gaussian View 内部有一套经验的键长。
例如 CO 单键键长一般是 154 pm ，但是在某些化合物中 CO 单键可能是 120 pm，这个时候 Gaussian View 就会根据他的经验判断这个是三键，那么在 Gaussian View 里面显示出来就是 “三键” ，而我们绘制化学式的时候画的是单键，只能说明这个时候的单键可能不是真正意义上的单键。
总结起来一句话：Gaussian View 判断是否是单双键什么的只是根据经验来的，经验主义，此外你可以修改这个经验，在 Gaussian View 里面可以修改.
下面是 Gaussian View 里面说明：
Custom Bonding Parameters
自定义键合参数
The Custom Bonding Parameters are used in those circumstantces when GaussView determines bonding based on geometry: distances between atoms.
自定义键合参数用于GaussView根据几何形状（即原子间距离）确定键合的情况。
You can specify them for the current molecule via the Tools=>Custom Bonding Parameters menu path or by default in the Custom Bonding Parameters Preferences.
您可以通过工具=>自定义键合参数菜单路径为当前分子指定这些参数，或在自定义键合参数首选项中默认设置。
Note that this is an advanced GaussView feature intended for experienced users.
请注意，这是一个面向有经验用户的高级GaussView功能。
Caution is in order when using it.
使用时需要谨慎。
Defining Custom Bonding Parameters
定义自定义键合参数
GaussView determines bonding based on geometry in the following cases:
GaussView在以下情况下根据几何形状确定键合：
When a molecule is loaded and there is no bonding connectivity data provided: e.g., a Gaussian input file without Geom=Connectivity, a log file (since these files don't have bonding connectivity data in general), a PDB file for which Standard Bonding for Residues is not requested or for included HETATMS when CONECT records are either not present or are requested to be ignored, and so on.
当加载分子且未提供键合连接数据时：例如，没有Geom=Connectivity的Gaussian输入文件、日志文件（因为这些文件通常没有键合连接数据）、未要求残基标准键合的PDB文件，或者包含的HETATMS在CONECT记录不存在或被要求忽略时，等等。
When you select Edit=>Rebond.
当您选择编辑=>重新键合时。
When you perform point group or space group based symmetrization with the Rebond after Symmetrization option checked.
当您执行基于点群或空间群的对称化，并勾选了对称化后重新键合选项时。
When you click Combine Cells or select Contents=>Bonds=>Rebond in the PBC dialog.
当您在PBC对话框中点击合并单元格或选择内容=>键=>重新键合时。
When you click Apply or OK in the Custom Bonding Parameters dialog.
当您在自定义键合参数对话框中点击应用或确定时。
In this case, GaussView will recalculate bonding for any atom pairs that have custom bonding parameters.
在这种情况下，GaussView将重新计算具有自定义键合参数的任何原子对的键合。
Important Tip: If any atoms are currently selected, consideration for rebonding will occur only for them.
重要提示：如果当前选择了任何原子，重新键合的考虑将仅针对这些原子。
Otherwise, consideration will be given to all atoms.
否则，将考虑所有原子。
The fields in the dialog have the following meanings:
对话框中的字段具有以下含义：
Active?: Whether the parameter is active (applied).
是否激活？：参数是否处于活动状态（被应用）。
Elem. 1 and Elem. 2: Atoms involved in the bond.
元素1和元素2：参与键合的原子。
Triple, Double, Resonant, Single, Weak: Maximum bond length for the specified bond type.
三键、双键、共振键、单键、弱键：指定键类型的最大键长。
Weak bonds are represented by a single dashed line.
弱键用单虚线表示。
They can be visually useful for representing things like hydrogen bonds, and its value is typically left at 0.
它们在视觉上对表示氢键等结构很有用，其值通常保持为0。
In this case, atoms separated by distances greater than the single bond value are treated as unbonded.
在这种情况下，距离大于单键值的原子被视为未成键。
The custom bonding parameters don't affect molecule building; builder fragments come with bonding provided.
自定义键合参数不影响分子构建；构建器片段已提供键合。
Since bonding can affect MM atom type determinations, adding hydrogens, chirality determinations, and the like, changing the bonding parameters can have real consequences when the bonding ends up being different than it would by default.
由于键合可能影响MM原子类型的确定、氢原子的添加、手性的确定等，当键合最终与默认情况不同时，更改键合参数可能会产生实际影响。
These parameters are useful when GaussView doesn't assign some bonds in the expected way because of an unusual or otherwise poor geometry (e.g., a PDB resulting created from a low resolution X-Ray diffraction experiment)."
当GaussView由于异常或其他不良几何形状（例如，由低分辨率X射线衍射实验创建的PDB）而未以预期方式分配某些键时，这些参数很有用。
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发表于 Post on 2024-7-22 10:51:08
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