求助：GROMACS中使用OPLS立场怎么添加Pb相关其他形式的离子，以及其相关参数

qixun · 发表于 Post on 2024-3-10 11:28:16

本帖最后由 qixun 于 2024-3-10 11:28 编辑

我的体系中含有石墨烯，我用的是OPLS立场，现需探究pH对石墨烯吸附铅离子的影响，但是在不同pH条件下，离子的存在形式不同，所以想请教一下应该怎么加入这些不常见的离子形式（像是对单个Ca离子的加入我知道，但是没有找到Pb的参数，所以故想请教一下相关Pb的这几种状态（如图）如何加入。

牧生 · 发表于 Post on 2024-3-10 12:46:20

不需要刻意用opls，用amber+gaff力场，再用merz的离子参数是最佳选择。

离子参数直接复制这文献里面的支撑
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-10 12:55:06

这几种多原子离子都可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）很容易地创建拓扑文件。O、H用GAFF的参数，Pb用Merz或UFF参数

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