cp2k提交任务mpi运行有误

哪有这么脆弱

按照社长的教程用toolchain编译好了cp2k，在界面上可以正常运行 。
但是提交至服务器会出现如下问题： 。

查看帖子加入了export OMPI_MCA_btl=^openib   export  OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1也没能解决问题。
并且更新了libfabric也没能解决问题。更新步骤如下：下载libfabric-1.20.1，./autogen.sh  ./configure  make进行安装，然后把文件夹整体复制到openmpi/lib文件夹下。
我的提交脚本是这样：
环境变量是这样： 。
请各位老师帮忙看看，帮忙解决！谢谢

乐平

你应该把

1. source /public/apps/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/setup

复制代码

写到提交任务的 PBS 脚本里，而不是写入你自己本地的 ~/.bashrc 环境变量里。



你自己本地的 ~/.bashrc 只是针对登录节点，且只针对你自己的账号。而提交 cp2k 计算任务是到计算节点，要让计算节点满足 cp2k 的环境，就需要在提交任务的脚本里加上上面说的 source 那一行。


同理，运行其他计算程序也是在提交任务的 PBS 脚本里添加需要依赖的库，而不是在你自己  ~/.bashrc 环境变量里添加。
你自己的   ~/.bashrc 环境变量里根本不需要写那么多的 export

哪有这么脆弱

乐平 发表于 2024-3-11 12:01
你应该把

写到提交任务的 PBS 脚本里，而不是写入你自己本地的 ~/.bashrc 环境变量里。

老师您好，我从~/.bashrc删除，写在脚本里面，仍然出现这个问题

乐平

哪有这么脆弱 发表于 2024-3-11 13:50
老师您好，我从~/.bashrc删除，写在脚本里面，仍然出现这个问题

你怎么写的？

哪有这么脆弱

source /public/apps/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/setup
然后根据报错 我更新了libfabric，所以还添加了
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/wangdu/soft/lib/libfabric1.20.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH