利用GMX做分子动力学，蛋白RMSD很大

NicoleDH · 发表于 Post on 2020-10-19 11:21:40

请教各位老师、同行：

我刚接触GMX，对蛋白-配体复合物做了200 ns的模拟，选择的第一帧作为参考结构，选择蛋白计算了rmsd，如下图1。rmsd变化很大，没有平衡，我检查了其中的几个frame，叠合，发现蛋白变化很大，如下图2。这是第一帧的结构（白色）和第90ns的结构（绿色），红色的框是结合小分子的位置，感觉这个蛋白变成open的构象了。

查文献，这个蛋白和小分子结合后会有较大的构象变化。请问这种情况使用什么方法能让体系跑平衡呢？是模拟的时间还不够长吗？我按照教程做，nvt和npt平衡都只跑了100 ps，不知道这个会不会对成品MD有影响？

谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-10-19 11:52:58

很正常，加时间就行了

唯一不正常的是你的描述：“nvt和npt平衡都只跑了100 ps”，那你这200ns跑的是什么系综？

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-10-19 13:00:29

RMSD如果你比较的是开始与结束的大小，那你表示的是经过模拟构象发生了较大改变，正如你所说可能是开合的变化
但是！

这并不表示你的模拟没有平衡
只要你的在一段时间的变动（RMSD升高后）体系的RMSD维持在某一数值附近变动（一般认为波动范围在2A以内可以认为体系已经平衡）

PS:你这单位是不是错了，好像应该是埃米不是纳米吧

NicoleDH · 发表于 Post on 2020-10-19 14:43:07

本帖最后由 NicoleDH 于 2020-10-19 15:01 编辑

fhh2626 发表于 2020-10-19 11:52
很正常，加时间就行了

唯一不正常的是你的描述：“nvt和npt平衡都只跑了100 ps”，那你这200ns跑的是什 ...

谢谢帮助，nvt和npt平衡是跑了100 ps，这个200 ns是成品MD时在mdp文件里设置的时间。

还有个问题，请问老师，加时间的话，是从成品MD那一步从新做，还是取最后一帧作为最开始的复合物结构进行模拟？

NicoleDH · 发表于 Post on 2020-10-19 14:49:07

本帖最后由 NicoleDH 于 2020-10-19 14:50 编辑

DoubeeTwT 发表于 2020-10-19 13:00
RMSD如果你比较的是开始与结束的大小，那你表示的是经过模拟构象发生了较大改变，正如你所说可能是开合的变 ...

谢谢回复。请问

只要你的在一段时间的变动（RMSD升高后）体系的RMSD维持在某一数值附近变动

的“一段时间”一般是多久呢？我用gmx rms计算得到的.xvg文件的表头是下面这样的，rmsd的单位应该的确是nm

@ title "RMSD"
@ xaxis label "Time (ps)"
@ yaxis label "RMSD (nm)"
@TYPE xy
@ subtitle "Protein after lsq fit to Protein"

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-10-19 17:10:46

NicoleDH 发表于 2020-10-19 14:43
谢谢帮助，nvt和npt平衡是跑了100 ps，这个200 ns是成品MD时在mdp文件里设置的时间。

还有个问题，请 ...

你最好了解NVT，NPT和production MD是什么意思，它们不是并行的概念

用最后一帧的结构续跑就行

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2020-10-19 18:39:56

延长模拟时间再看看

NicoleDH · 发表于 Post on 2020-10-19 20:19:28

fhh2626 发表于 2020-10-19 17:10
你最好了解NVT，NPT和production MD是什么意思，它们不是并行的概念

用最后一帧的结构续跑就行

好的，谢谢老师！

NicoleDH · 发表于 Post on 2020-10-19 20:19:59

lijiayisjtu 发表于 2020-10-19 18:39
延长模拟时间再看看

嗯嗯，谢谢帮助，我再试一试。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-10-20 14:29:49

NicoleDH 发表于 2020-10-19 14:49
谢谢回复。请问
的“一段时间”一般是多久呢？我用gmx rms计算得到的.xvg文件的表头是下面这样的，rmsd ...

1 没有一个统一的标准说一定要多久，大概在几十到上百ns左右，具体看你体系
是loop区的变动还是alpha螺旋的解旋，这不一样的变化时间肯定是不一样的

2 那你这头尾的结构变动确实大。。。。

Jan · 发表于 Post on 2021-11-10 16:13:31

NicoleDH 发表于 2020-10-19 20:19
嗯嗯，谢谢帮助，我再试一试。

请问楼主遇到的这个问题是如何解决的？我最近也在做蛋白-小分子体系的，NVT和NPT都跑了1ns，然后跑了200ns的MD，也出现了和您类似的情况，也是RMSD波动很大。看轨迹是两条链C端alpha螺旋解旋了，有什么好办法吗？

Jan · 发表于 Post on 2021-11-10 16:15:49

DoubeeTwT 发表于 2020-10-20 14:29
1 没有一个统一的标准说一定要多久，大概在几十到上百ns左右，具体看你体系
是loop区的变动还是alpha螺 ...

您好，我最近刚好遇到了和楼主一样的情况，也是RMSD很大，看轨迹是您提到的alpha螺旋的解旋的问题，请问有什么好的处理办法吗？我试过给这alpha螺旋封端，但情况还是一样没变。

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-11-20 20:51:23

Jan 发表于 2021-11-10 16:15
您好，我最近刚好遇到了和楼主一样的情况，也是RMSD很大，看轨迹是您提到的alpha螺旋的解旋的问题，请问 ...

后来跑了1微秒，趋于平衡了

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2022-9-22 10:11:20

DoubeeTwT 发表于 2020-10-19 13:00
RMSD如果你比较的是开始与结束的大小，那你表示的是经过模拟构象发生了较大改变，正如你所说可能是开合的变 ...

请问波动在2A以内就认为轨迹达到平衡，这个观点或理论有文献的支撑吗？能否分享一下引文来源，感谢您的帮助！

Winnky · 发表于 Post on 2024-3-13 02:39:35

你这个绝对有问题，你这个复合物显然不能用，要么是你这个蛋白断了，要么你这个配体不合理

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[GROMACS] 利用GMX做分子动力学，蛋白RMSD很大

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