BOMD计算如何设定初始结构和速度

deltazheng · 发表于 Post on 2015-12-15 09:34:53

最近尝试使用BOMD关键字研究一个协同反应的动力学过程。设想计算从优化好的过渡态出发，但是对于如何获取合理的初始坐标和速度没有把握。现在根据Gaussian官方说明中的例子指定RTemp=300可以正常运行BOMD计算。但是这样做显然有很大的随意性。如何才能获得符合实验的初始设置呢？（实验在室温即可进行）

附件中是过渡态和目前完成的一个traj任务的out文件供大家参考。

谢谢！

TS-1a-HP-631Gdp.out (2.46 MB, 下载次数 Times of downloads: 68)

TS-1a-HP-631Gdp-BOMD-RTemp.out (6.49 MB, 下载次数 Times of downloads: 114)

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-15 23:41:48

“符合实验的初始设置”这个有点含糊。实验上只是知道了反应温度，但温度仅仅表现了平均动能，对应的初始速度分布方式有无限种可能。

ZX-HH · 发表于 Post on 2022-1-20 17:27:12

sobereva 发表于 2015-12-15 23:41
“符合实验的初始设置”这个有点含糊。实验上只是知道了反应温度，但温度仅仅表现了平均动能，对应的初始速 ...

老师，请问我用CP2K先进行了几个ps的MD稳定，怎么能够从里面提取出构型对应的velocities呢？构型可以在xyz文件里提取出来，对应的velocities能够在restart文件中提取嘛？如果可以的话怎么才能提取出某一步的velocities呢？

ZX-HH · 发表于 Post on 2022-1-21 09:30:21

丁越发表于 2022-1-20 18:07
有个vel-1.xyz文件，里面包含的就是速度信息

您好，请问我只产生了一个xyz轨迹文件，里面第一行是原子数，第二行是步数，时长跟能量，再下面就是原子位置，请问能产生包含速度xyz文件是需要在.inp里加哪些关键词呢？

丁越 · 发表于 Post on 2022-1-21 10:18:24

本帖最后由丁越于 2022-1-21 10:27 编辑

ZX-HH 发表于 2022-1-21 09:30
您好，请问我只产生了一个xyz轨迹文件，里面第一行是原子数，第二行是步数，时长跟能量，再下面就是原子 ...

假设你是用Multiwfn产生的输入文件，运行MD的过程中就会产生如下所示的vel-1.xyz文件啊
-rw-rw-r--. ionic_liquid-pos-1.xyz
-rw-rw-r--. ionic_liquid-RESTART.wfn
-rw-rw-r--. ionic_liquid-vel-1.xyz

ZX-HH · 发表于 Post on 2022-1-21 15:45:23

本帖最后由 ZX-HH 于 2022-1-21 16:17 编辑

丁越发表于 2022-1-21 10:18
假设你是用Multiwfn产生的输入文件，运行MD的过程中就会产生如下所示的vel-1.xyz文件啊
-rw-rw-r--. io ...

原来是这样，我的不是Multiwfn产生的，所以可能缺少了这部分的关键词，我添加了CP2K_INPUT / MOTION / PRINT / VELOCITIES这一section，我是直接在motion下添加了 &PRINT
&VELOCITIES
&END
&END

请问这个VELOCITIES下还需要添加其他的关键词吗？我就这样尝试的跑了一下的确出来了 vel-1.xyz，这个在跑BOMD时需要怎么添加上呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-22 16:13:36

ZX-HH 发表于 2022-1-21 15:45
原来是这样，我的不是Multiwfn产生的，所以可能缺少了这部分的关键词，我添加了CP2K_INPUT ...

你看一下CP2K的MD任务产生的restart文件是什么格式、里面速度是怎么定义的就知道了

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