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[GROMACS] 拓扑文件中constraints和bond项有什么区别

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本帖最后由 ccccc123 于 2024-3-12 10:44 编辑

大家好,我在模拟CO2气体分子时使用了卢老师帖子里提供的EPM2模型的itp(CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中? - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)
过程中有点疑惑
  • 拓扑文件中使用了constraints type1约束键长,只给定一个平衡距离值
  • 看过其他的CO2拓扑文件,键长使用bond,type1 进行约束,给定约束距离和平衡常数
请问constraints type1和 bond tpye1除了分子内部振动的区别,是否还有其他区别?对模拟过程是否有其他影响?

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喵星人

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发表于 Post on 2024-3-12 10:57:21 | 只看该作者 Only view this author
就是刚性和柔性的区别呗,constraints就是键长完全不能改变,按照刚体处理,bond type1就是按照谐振势处理键伸缩
但是CO2是直线分子想要键角不弯曲需要特殊处理

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发表于 Post on 2024-3-12 11:02:10 | 只看该作者 Only view this author
constraint可严格约束键长保持不变,看下文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

而bond允许键长在平衡距离附近波动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 11:08:10 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-3-12 10:57
就是刚性和柔性的区别呗,constraints就是键长完全不能改变,按照刚体处理,bond type1就是按照谐振势处理 ...

感谢回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 11:11:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-12 11:02
constraint可严格约束键长保持不变,看下文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://soberev ...

感谢老师的回复,现在已经理解这两者的区别。另外,对于CO2来说,只能用constraints吗,用bond 加一个很大的力常数不可以吗?这两种方式在模拟中会不会有什么区别或者影响?

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发表于 Post on 2024-3-12 11:30:00 | 只看该作者 Only view this author
ccccc123 发表于 2024-3-12 11:11
感谢老师的回复,现在已经理解这两者的区别。另外,对于CO2来说,只能用constraints吗,用bond 加一个很 ...

不是不行。但力场原文就是用的constraint,没理由用bond(除非由于某些程序功能的限制而不得已这样)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-12 11:34:00 | 只看该作者 Only view this author
ccccc123 发表于 2024-3-12 11:11
感谢老师的回复,现在已经理解这两者的区别。另外,对于CO2来说,只能用constraints吗,用bond 加一个很 ...

很大的力常数意味着很高的频率,也就是需要很短的时间步长

而你如果不修改时间步长,就会导致动力学不稳定

Constraints会用特殊算法把体系作为刚体处理,就不存在这样的问题

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发表于 Post on 2024-3-12 14:51:40 | 只看该作者 Only view this author
您好,想向您请教一下用CO2-EPM2模型,已知它的itp文件(您所贴出帖子里的),如何获得pdb文件?期待您的答复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 15:12:51 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-3-12 11:34
很大的力常数意味着很高的频率,也就是需要很短的时间步长

而你如果不修改时间步长,就会导致动力学不 ...

对constraints的使用更理解了,感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 15:13:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-12 11:30
不是不行。但力场原文就是用的constraint,没理由用bond(除非由于某些程序功能的限制而不得已这样)

回去仔细看了力场文献,确实是这样的,感谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 15:14:36 | 只看该作者 Only view this author
liululu 发表于 2024-3-12 14:51
您好,想向您请教一下用CO2-EPM2模型,已知它的itp文件(您所贴出帖子里的),如何获得pdb文件?期待您的答 ...

可以试试去ATB下载

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发表于 Post on 2024-3-12 16:44:10 | 只看该作者 Only view this author
ccccc123 发表于 2024-3-12 15:14
可以试试去ATB下载

去ATB上下载后,根据itp文件更换ATB下载的pdb文件所对应位置参数吗?
用EPM2模型,在进行分子动力学时需要的top文件中引入,采用gromos54A7力场进行分子动力学模拟是可以的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 16:52:50 | 只看该作者 Only view this author
liululu 发表于 2024-3-12 16:44
去ATB上下载后,根据itp文件更换ATB下载的pdb文件所对应位置参数吗?
用EPM2模型,在进行分子动力学时需 ...

你如果只是缺一个pdb结构,直接按照itp里面的原子名和残基名改了不就行了

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发表于 Post on 2024-3-12 17:16:22 | 只看该作者 Only view this author
ccccc123 发表于 2024-3-12 16:52
你如果只是缺一个pdb结构,直接按照itp里面的原子名和残基名改了不就行了

这样直接改了之后,我可以用gromas54A7力场吗?

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发表于 Post on 2024-3-13 07:28:12 | 只看该作者 Only view this author
liululu 发表于 2024-3-12 14:51
您好,想向您请教一下用CO2-EPM2模型,已知它的itp文件(您所贴出帖子里的),如何获得pdb文件?期待您的答 ...

自己用GaussView画一个就完了
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