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[VASP] 表面吸附水分子的几何优化总是震荡难以收敛

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本帖最后由 paopaotu326 于 2020-4-26 08:37 编辑

大家好:
      最近在算Mo2N(200)面上的H2O吸附的几何结构优化,第一次低精度收敛很快,到后面第二次精度中等,1E-4,就收敛很难,到第三次1E-5,反复计算了三次,都是震荡不收敛,不知道怎么办。
INCAR文件如下:
SYSTEM=general parameters about opt

ISTART=0
ICHARG=2
PREC=Accurate
ENCUT=450
IBRION=1
ISIF=2
NSW=100
NELM=60
NELMIN=4
NELMDL=-12
POTIM=0.3

EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.02

GGA=PE

ISMEAR=0
SIGMA=0.05


! * making the calculations fasters
ALGO=Fast
NPAR=4

POSCAR
CIF file                                
   1.00000000000000     
     8.5113000870000004    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000   16.0403995514000002    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   16.2556991577000005
   N    Mo   O    H
    24    48     1     2
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.0012260493443605  0.9907857944908187  0.2676617813593296   F   F   F
  0.2494672507779612  0.2549315293436578  0.1253113637331609   F   F   F
  0.2500000000000000  0.1250000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.2537060254536669  0.1370039752850545  0.2700573295398101   F   F   F
  0.0010933298389233  0.3705629427764521  0.1260792694215525   F   F   F
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.4973226418922252  0.9865891827501159  0.2679283197343736   F   F   F
  0.7490304320904215  0.2513150507404873  0.1258481124737969   F   F   F
  0.7500000000000000  0.1250000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.7458654017865953  0.1348599263867598  0.2677639654719215   F   F   F
  0.5008400875359627  0.3732779137673248  0.1255838396775957   F   F   F
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.9968656213069025  0.4875445945501156  0.2683842850917628   F   F   F
  0.2472286940654485  0.7502713699511432  0.1260249519794385   F   F   F
  0.2500000000000000  0.6250000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.2432868822446537  0.6346256059152680  0.2663190387119982   F   F   F
  0.0013391592796239  0.8719681311947838  0.1258387581065890   F   F   F
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.5017014192578486  0.4905066110064169  0.2670702928175146   F   F   F
  0.7490148223599178  0.7543552720318161  0.1255056295570682   F   F   F
  0.7500000000000000  0.6250000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.7521934607436833  0.6368208990553299  0.2699813124517476   F   F   F
  0.5012268584110302  0.8707828752297431  0.1266318721915596   F   F   F
  0.2498880640364831  0.3901090161516834  0.1290955403651992   F   F   F
  0.0000000000000000  0.1279599960000013  0.0065799999999996   F   F   F
  0.0002450776352987  0.1261322139729870  0.2563816501463734   F   F   F
  0.0024530959732942  0.0043102003094333  0.1320484744960382   F   F   F
  0.2500000000000000  0.2638800140000015  0.0009900000000016   F   F   F
  0.2464818719611515  0.2616246973956535  0.2501284671986426   F   F   F
  0.2500000000000000  0.4942899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.2461597635875634  0.5016837029376120  0.2556512841707601   F   F   F
  0.9998212526720494  0.2349260409153899  0.1327894680198085   F   F   F
  0.0000000000000000  0.3692899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.9990999642993899  0.3618046744354260  0.2514573408306262   F   F   F
  0.2512034911974297  0.1211067315936631  0.1298959273669951   F   F   F
  0.7494150117286935  0.3872358781944030  0.1201078879150401   F   F   F
  0.5000000000000000  0.1279599960000013  0.0065799999999996   F   F   F
  0.5000969779087683  0.1181283565876470  0.2531240213476522   F   F   F
  0.4967378874837252  0.0029845981081849  0.1301738619160702   F   F   F
  0.7500000000000000  0.2638800140000015  0.0009900000000016   F   F   F
  0.7563142177033626  0.2606140493895381  0.2500448772151245   F   F   F
  0.7500000000000000  0.4942899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.7496261923530199  0.5052454901339800  0.2530397151161097   F   F   F
  0.5001109724860555  0.2377357266828213  0.1184565985293489   F   F   F
  0.5000000000000000  0.3692899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.4978289029937386  0.3659437420514706  0.2496983176830270   F   F   F
  0.7482010973347784  0.1186010037282870  0.1310295922842641   F   F   F
  0.2498955035338781  0.8861852401211365  0.1193527699785122   F   F   F
  0.0000000000000000  0.6279600259999967  0.0065799999999996   F   F   F
  0.9982618365425324  0.6183025686001358  0.2524848734327065   F   F   F
  0.9977978419678450  0.5030100863793834  0.1303798204792770   F   F   F
  0.2500000000000000  0.7638800140000015  0.0009900000000016   F   F   F
  0.2552941255046335  0.7610914487959164  0.2500602058773040   F   F   F
  0.2500000000000000  0.9942899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.2494014493106533  0.0059362219336379  0.2531743469936529   F   F   F
  0.9993738085900006  0.7360992929286567  0.1184405429584459   F   F   F
  0.0000000000000000  0.8692899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.9969720031326972  0.8663859778997107  0.2499285665609889   F   F   F
  0.2490975255308996  0.6179831018863240  0.1314866203188600   F   F   F
  0.7505814064554670  0.8900029344315570  0.1269428973096893   F   F   F
  0.5000000000000000  0.6279600259999967  0.0065799999999996   F   F   F
  0.4994390909829036  0.6255301536965092  0.2580184117372255   F   F   F
  0.5004560049132039  0.5049976556017768  0.1324253900877252   F   F   F
  0.7500000000000000  0.7638800140000015  0.0009900000000016   F   F   F
  0.7467834069203434  0.7616743275662543  0.2500342356205678   F   F   F
  0.7500000000000000  0.9942899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.7478652365699574  0.0013757028534371  0.2544587037208643   F   F   F
  0.4991950321081760  0.7357311456598765  0.1331926146821942   F   F   F
  0.5000000000000000  0.8692899939999990  0.0000000000000000   F   F   F
  0.5002773543801240  0.8607329042867207  0.2522434935507718   F   F   F
  0.7478247803160585  0.6208924835460934  0.1306244834641817   F   F   F
  0.4889803098123139  0.6377658559709010  0.4037938700740013   T   T   T
  0.5672060681067838  0.6036133546803297  0.4320727695861006   T   T   T
  0.5234301829104956  0.6959547836709454  0.4091894708519871   T   T   T

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-26 08:41:22 | 只看该作者 Only view this author
这是收敛文件部分
N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.722895336436E+03   -0.22063E-03   -0.93999E-02  2520   0.280E-01    0.716E-02
RMM:   2    -0.722895485332E+03   -0.14890E-03   -0.17779E-03  2076   0.336E-02    0.373E-02
RMM:   3    -0.722895551114E+03   -0.65782E-04   -0.15554E-04  2414   0.130E-02    0.479E-02
RMM:   4    -0.722895505854E+03    0.45260E-04   -0.51473E-05  1860   0.881E-03    0.198E-02
RMM:   5    -0.722895523662E+03   -0.17808E-04   -0.74981E-05  2084   0.859E-03    0.227E-02
RMM:   6    -0.722895518906E+03    0.47552E-05   -0.13511E-05  1269   0.573E-03
  50 F= -.72289552E+03 E0= -.72285589E+03  d E =-.398956E-03
BRION: g(F)=  0.502E-04 g(S)=  0.000E+00
BRIONS problems: POTIM should be increased
retain N=  1 mean eig=72.97
eig:  72.971
bond charge predicted
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.722889517518E+03    0.60061E-02   -0.23233E+00  2520   0.139E+00    0.343E-01
RMM:   2    -0.722893080551E+03   -0.35630E-02   -0.39662E-02  2422   0.149E-01    0.168E-01
RMM:   3    -0.722893406775E+03   -0.32622E-03   -0.93103E-04  2637   0.278E-02    0.922E-02
RMM:   4    -0.722893884824E+03   -0.47805E-03   -0.11761E-03  2802   0.324E-02    0.120E-01
RMM:   5    -0.722893608052E+03    0.27677E-03   -0.44961E-04  2582   0.248E-02    0.343E-02
RMM:   6    -0.722893585417E+03    0.22635E-04   -0.10343E-04  2216   0.101E-02    0.145E-02
RMM:   7    -0.722893582556E+03    0.28610E-05   -0.14541E-05  1337   0.518E-03
  51 F= -.72289358E+03 E0= -.72285394E+03  d E =0.193635E-02
BRION: g(F)=  0.546E-04 g(S)=  0.000E+00 retain N=  1 mean eig= 0.34
eig:   0.342
bond charge predicted
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.722892556821E+03    0.10286E-02   -0.14354E+00  2520   0.109E+00    0.273E-01
RMM:   2    -0.722894763229E+03   -0.22064E-02   -0.25340E-02  2415   0.120E-01    0.134E-01
RMM:   3    -0.722895208482E+03   -0.44525E-03   -0.10647E-03  2814   0.317E-02    0.118E-01
RMM:   4    -0.722895041189E+03    0.16729E-03   -0.63169E-04  2730   0.260E-02    0.716E-02
RMM:   5    -0.722895270394E+03   -0.22920E-03   -0.60254E-04  2879   0.240E-02    0.744E-02
RMM:   6    -0.722895102943E+03    0.16745E-03   -0.15047E-04  2420   0.144E-02    0.160E-02
RMM:   7    -0.722895101863E+03    0.10795E-05   -0.41775E-05  1595   0.624E-03
  52 F= -.72289510E+03 E0= -.72285547E+03  d E =-.151931E-02
BRION: g(F)=  0.463E-04 g(S)=  0.000E+00 retain N=  1 mean eig= 5.22

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-26 09:00:23 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2020-4-26 15:14:38 | 只看该作者 Only view this author

先检查一下结构是否没问题,然后试试IBRION=2看看,IBRION=1对结构不好的情况其实不是很推荐使用。
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发表于 Post on 2020-4-27 01:55:42 | 只看该作者 Only view this author

贴图方式不对,本机路径的图片显然在别人那里不可能显示。仔细看置顶的新社员必读了解怎么正确贴图
在有别人回复前,如果需要补充新内容,直接编辑之前的帖子,不要分开发帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-27 14:11:42 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-4-26 15:14
先检查一下结构是否没问题,然后试试IBRION=2看看,IBRION=1对结构不好的情况其实不是很推荐使用。

你好,谢谢回帖。我之前用IBRION=2已经做过两次次优化了,结构没发现有什么不合理的地方,都收敛了,然后这个是第三次几何优化,才改成IBRION=1.然后就反复算都是震荡,NSW前后已经做了近300步了,还是不收敛,晕。

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发表于 Post on 2020-4-27 15:59:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡开发发 于 2020-4-27 16:16 编辑
paopaotu326 发表于 2020-4-27 14:11
你好,谢谢回帖。我之前用IBRION=2已经做过两次次优化了,结构没发现有什么不合理的地方,都收敛了,然后 ...

虽然按道理不会有这么大差异,不过建议再试试IBRION=2。另外再建议检查下SCF是否每一步都收敛,有一定可能是固定的方式不合理引起的。
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发表于 Post on 2020-4-27 21:34:03 | 只看该作者 Only view this author
paopaotu326 发表于 2020-4-26 08:41
这是收敛文件部分
N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rm ...

考虑ISMEAR=-5试试
模型搞这么大,计算很辛苦,如果就一个H2O吸附,我会把表面干掉一半,沿b方向截掉一半足够了,除非你有其它目的......

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-29 08:18:51 | 只看该作者 Only view this author
hakuna 发表于 2020-4-27 21:34
考虑ISMEAR=-5试试
模型搞这么大,计算很辛苦,如果就一个H2O吸附,我会把表面干掉一半,沿b方向截掉一 ...

好的, 我今天把模型减小一半试一下,是太大了,然后几何优化没做完,就可以做SCF吗?固定方式有问题是什么意思?

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发表于 Post on 2022-10-25 15:54:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangtf 于 2022-10-25 16:01 编辑
卡开发发 发表于 2020-4-27 15:59
虽然按道理不会有这么大差异,不过建议再试试IBRION=2。另外再建议检查下SCF是否每一步都收敛,有一定可 ...

请问老师,H2O在表面吸附的几何结构优化,如果NELM = 300,SCF在最开始的几个离子步不收敛,在后面的离子步都收敛,计算结果可靠吗?谢谢老师!
另外,2楼给出的输出,显示“BRIONS problems: POTIM should be increased”,需要增大POTIM至多少比较合适?谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-10-25 23:19:13 | 只看该作者 Only view this author
huangtf 发表于 2022-10-25 15:54
请问老师,H2O在表面吸附的几何结构优化,如果NELM = 300,SCF在最开始的几个离子步不收敛,在后面的离子 ...

重新做一下自洽场看看能否正常收敛,收敛的结果和离子步最后一步是否接近?
步长不确定的情况,结构不够好用IBRION=2比较稳妥。
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发表于 Post on 2024-3-24 19:21:43 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2022-10-25 23:19
重新做一下自洽场看看能否正常收敛,收敛的结果和离子步最后一步是否接近?
步长不确定的情况,结构不够 ...

请问如果IBRION=1时,离子步之间的能量差总在-01次方和-02次方、以及两三步的-03次方之间变化,IBRION=2时,能量差在-01和-02次方之间变化,电子步都能收敛是什么原因,以及如何促进收敛,力收敛准则是-0.03

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发表于 Post on 2024-3-24 22:15:15 | 只看该作者 Only view this author
dfdf 发表于 2024-3-24 19:21
请问如果IBRION=1时,离子步之间的能量差总在-01次方和-02次方、以及两三步的-03次方之间变化,IBRION=2 ...

有可能体系柔性比较严重或者计算精度导致噪声比较大,试着做好收敛性测试的基础上,适当调整结构,不过VASP的优化算法确实效率偏低,如果有必要也许可以试试用ase调用。
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发表于 Post on 2024-3-25 08:50:00 | 只看该作者 Only view this author
BRIONS problems: POTIM should be increased
试试把POTIM改成0.5?

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