如何将配体的pdb文件加上原子所属氨基酸残基的信息？

12313 · 发表于 Post on 2024-7-27 15:49:31

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，我想请问一下有没有什么方法可以将配体pdb文件中，加上原子所属氨基酸残基这一列信息，因为后面进行完复合物的MD模拟分析后，还要通过gmx_MMPBSA进行包括配体和受体的氨基酸残基能量解析。

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-27 17:58:18

配体是标准胺基酸吗？是的话直接当protein处理就行吧。

12313 · 发表于 Post on 2024-7-27 18:02:21

student0618 发表于 2024-7-27 17:58
配体是标准胺基酸吗？是的话直接当protein处理就行吧。

配体是多肽小分子，都是标准氨基酸。但是我不知道该如何在配体结构的pdb文件中，添加原子与所属氨基酸残基的信息。

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-27 19:26:27

没保留到残基信息吗？主流多肽对接程序也会保留吧。

12313 · 发表于 Post on 2024-7-27 19:49:31

student0618 发表于 2024-7-27 19:26
没保留到残基信息吗？主流多肽对接程序也会保留吧。

确实是没有保留，我上传了我的复合物中配体的pdb文件

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-27 22:06:41

12313 发表于 2024-7-27 19:49
确实是没有保留，我上传了我的复合物中配体的pdb文件

用什么方法给多肽建的模。如果原始文件里没有残基信息，当成一个普通的小分子，对接后的文件也不会有残基信息
常规的按照残基序列生成多肽结构的方法都会有基本的残基信息

12313 · 发表于 Post on 2024-7-28 13:24:11

Seyilaxa 发表于 2024-7-27 22:06
用什么方法给多肽建的模。如果原始文件里没有残基信息，当成一个普通的小分子，对接后的文件也不会有残基 ...

好的，谢谢老师

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