怎么使用vmd求配位数？

九月九 · 发表于 Post on 2022-5-25 13:29:58

各位老师好！我已经跑了一段MD轨迹，需要得到Na与H2O的配位数（RDF显示距离在1.85-2.95埃），请问怎么利用vmd计算二者的配位数呢，类似于这张图片（图是别人的）。谢谢！

naoki · 发表于 Post on 2022-5-25 16:00:16

第一溶剂化层配位数是rdf积分曲线与rdf第一峰谷交点的y坐标

九月九 · 发表于 Post on 2022-5-25 20:37:04

本帖最后由九月九于 2022-5-26 09:08 编辑

naoki 发表于 2022-5-25 16:00
第一溶剂化层配位数是rdf积分曲线与rdf第一峰谷交点的y坐标

谢谢您！做好了

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-26 03:50:48

VMD直接就能给你配位数曲线

九月九 · 发表于 Post on 2022-5-26 09:09:23

sobereva 发表于 2022-5-26 03:50
VMD直接就能给你配位数曲线

谢谢sob老师！明白了

cz109 · 发表于 Post on 2024-4-4 19:41:24

sobereva 发表于 2022-5-26 03:50
VMD直接就能给你配位数曲线

老师，请问得到这个曲线后是Y=5,10,20与曲线交点的横坐标是配位数吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-4 20:18:35

cz109 发表于 2024-4-4 19:41
老师，请问得到这个曲线后是Y=5,10,20与曲线交点的横坐标是配位数吗？

是达到相应配位数时对应的r距离值

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[VMD] 怎么使用vmd求配位数？