消除蛋白质的平动旋转，md时有两个warning，可以忽略吗

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-29 17:38:03

本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-29 17:40 编辑

如题所示，我的体系是蛋白质+金属离子，参考sob老师在谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)里提到的，生物分子的模拟，设comm-grps = protein和comm-mode = angular来保证蛋白质不跑出盒子，但是在生成tpr过程中，出现两个warning，我想知道这两个warning可以忽略吗？另外添加这两行对于结果分析有影响吗？（我想探究的是离子与蛋白质的接触位点）

我的md.pdb如下

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-29 19:08:47

见http://bbs.keinsci.com/thread-47457-1-1.html 二楼

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-30 12:29:37

student0618 发表于 2024-9-29 19:08
见http://bbs.keinsci.com/thread-47457-1-1.html 二楼

非常感谢

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