关于使用消除塑料分子的平动和转动关键词后软件提示的警告

fenghua

各位老师好，
      我是根据sob老师谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中的"2生物大分子"的两个关键词:comm-grps  = protein和comm-mode = angular来消除我的塑料分子的平动转动，在做NPT平衡的时候就出现以下两个warning:"WARNING 1 [file npt.mdp]:Removing the rotation around the center of mass in a periodic system,egror this can lead to artifacts. Only use this on a single (cluster of) molecules. This cluster should not cross periodic boundaries."
"WARNING 2 [file npt.mdp]: Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.This may lead to artifacts.In most cases one should use one group for the whole system."
       这两个警告的问题如何解决呢，不能忽视吗？

sobereva

通常可以忽视。注意如提示所说，要确保消除整体运动的分子没有跨盒子

fenghua

sobereva 发表于 2024-7-29 03:11
通常可以忽视。注意如提示所说，要确保消除整体运动的分子没有跨盒子

好的，谢谢社长