TIP4P/Ice模型模拟冰水混合物的一点疑问

uenh1998

     最近试着模拟结冰过程，构建冰水混合物。冰用GenIce构建完毕。itp模型用社长的tip4p-ice.itp文件。请问水的itp文件可不可以也用tip4p-ice.itp呢。如果可以的话，能量极小化完毕做产生相模拟过程中出现了一个问题：两个itp文件都include到top文件里，会提示有多个settle的情况。这个该怎么处理呢。是吧两个水模型的itp文件的settle部分都去掉，当做普通配体处理呢，还是需要别的办法。
     十分感谢各位老师！

sobereva

可以
冰和水的拓扑文件是相同的，include一次tip4p-ice.itp就完了。

uenh1998

sobereva 发表于 2023-8-18 15:20
可以
冰和水的拓扑文件是相同的，include一次tip4p-ice.itp就完了。

感谢社长，我试试

uenh1998

sobereva 发表于 2023-8-18 15:20
可以
冰和水的拓扑文件是相同的，include一次tip4p-ice.itp就完了。

社长，还有一个问题。就是冰和水如果include同一个itp文件，同时要考虑冰水分别控压，能量极小化后产生相mdrun时，会报如图所示的错误。

但是冰 水的itp文件一样，只是把残基名改了而已（如图）   请问这该怎么处理呢。有个想法是把两个itp文件的#ifndef FLEXIBLE以后的部分，包括【virtual_sites3】及【exclusions】部分全去掉。这样会不会改变原有冰的参数，犯了定性的错误

牧生

uenh1998 发表于 2023-8-23 20:15
社长，还有一个问题。就是冰和水如果include同一个itp文件，同时要考虑冰水分别控压，能量极小化后产生相 ...

改它干啥，去掉那些干啥呢？

冰和水，本质都是HOH水分子，它们是一样的东西，你要好好琢磨这句话。

uenh1998

牧生 发表于 2023-8-23 21:55
改它干啥，去掉那些干啥呢？

冰和水，本质都是HOH水分子，它们是一样的东西，你要好好琢磨这句话。

这我知道 所以用的是一个拓扑 我的初始结构是冰水的混合物。然后为了冰和水分别控压，自然冰水就不能都用SOL（区分不开），所以用了两个itp文件，一个表示水 一个表示冰。然后就出现那种错了

顺便问下 如果盒子里塞满TIP4P/ICE 水，模拟大概多久能结冰  需不需要预先添加一定量的冰晶体作为凝结核加快结冰速度。

sobereva

uenh1998 发表于 2023-8-23 22:25
这我知道 所以用的是一个拓扑 我的初始结构是冰水的混合物。然后为了冰和水分别控压，自然冰水就不能都用 ...

分子类型名和组名是两码事
组直接在index文件里定义就完了，这是原子序号层面的事。不管你怎么划分组，都不影响水相和冰相里的分子共用相同的TIP-4P-ice的itp

需要加一定的冰

uenh1998

sobereva 发表于 2023-8-24 04:43
分子类型名和组名是两码事
组直接在index文件里定义就完了，这是原子序号层面的事。不管你怎么划分组， ...

谢谢社长，我试试

CB2024

你好，请教个问题，我用genice生成tip4p模型时，生成的冰是倾斜的，这是什么原因造成的？

动力学

uenh1998 发表于 2023-8-23 22:25
这我知道 所以用的是一个拓扑 我的初始结构是冰水的混合物。然后为了冰和水分别控压，自然冰水就不能都用 ...

你好 请问为什么要对水和冰分别控压？不分别控压的话不会形成冰么？