求助：NAMD格式martini3水模型参数和top文件求取

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-14 15:51:22

分子模型太大，看到MARTINI3在结合自由能方面做的不错，想试一下。大家有什么途径下载，官网好像并没有更新数据

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-14 16:25:12

NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-14 16:35:01

fhh2626 发表于 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

可是老哥，官网有martini粗粒化的教程啊。martini3好像对于结合自由能计算搞得挺好了，用这个SIRAH力场我怕到时候质疑我。。。不懂，求教老哥

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-14 16:45:48

fhh2626 发表于 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

不过他要求PME OFF 是不是不能计算能量了就是说，只能研究构象变化

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-14 16:54:18

但是博文中，说计算能量也是可以的，系统性质正确的话
http://wap.sciencenet.cn/blog-548663-1000243.html?mobile=1

k64_cc · 发表于 Post on 2021-8-14 20:58:34

WVzzz 发表于 2021-8-14 16:45
不过他要求PME OFF 是不是不能计算能量了就是说，只能研究构象变化

Martini现在已经不要求PME off了，Martini 3那篇文章就是全开PME算的。

这玩意最大的兼容性问题其实是Martini的Coulomb部分要改介电常数。目前应该只有Gromacs支持这个神奇的改变，而且不一定什么时候就会把它删了。

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-14 22:05:03

k64_cc 发表于 2021-8-14 20:58
Martini现在已经不要求PME off了，Martini 3那篇文章就是全开PME算的。

这玩意最大的兼容性问题其实是 ...

对啊，研究了一晚上，下载了martini3只有gmx的itp，但别的粗粒化又很难支撑精确度。头疼。。。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-15 14:12:49

WVzzz 发表于 2021-8-14 16:35
可是老哥，官网有martini粗粒化的教程啊。martini3好像对于结合自由能计算搞得挺好了，用这个SIRAH力场我 ...

那就是个半成品，只能当玩具

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-15 16:42:17

本帖最后由 WVzzz 于 2021-8-15 16:45 编辑

fhh2626 发表于 2021-8-15 14:12
那就是个半成品，只能当玩具

老哥，1.如果考虑隐性溶剂的话，能量平衡后，直接MMPBSA和FEP能不能行。。。2.粗粒化的话，虽然那个sirah的官网下载我暂时上不去，具体有什么文件我不知道，如果用的话是用直接支持charmm的SIRAH2参数和top文件那个对吧，求解

HZW · 发表于 Post on 2021-8-16 20:39:07

fhh2626 发表于 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

FU老师也关注到了SIRAH力场啊，现在已经包括在amber20里边了，不过gmx和amber都可以用SIRAH力场模拟。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-17 11:15:27

WVzzz 发表于 2021-8-15 16:42
老哥，1.如果考虑隐性溶剂的话，能量平衡后，直接MMPBSA和FEP能不能行。。。2.粗粒化的话，虽然那个sirah ...

用AmberTools生成amber格式的输入文件，用NAMD读入

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-17 11:17:39

HZW 发表于 2021-8-16 20:39
FU老师也关注到了SIRAH力场啊，现在已经包括在amber20里边了，不过gmx和amber都可以用SIRAH力场模拟。

我也注意到了，SIRAH的力场形式和CHARMM/Amber一样，兼容性强，而且可以描述蛋白质的构象变化，比较看好未来的发展

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-18 18:14:45

fhh2626 发表于 2021-8-17 11:15
用AmberTools生成amber格式的输入文件，用NAMD读入

哦哦，懂了，谢老师，还有点问题请教一下
在我们新买的工作站 CPU 80%占用下，GPU好像没怎么利用上啊，这种情况怎么调整，下面附图

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-19 09:32:43

WVzzz 发表于 2021-8-18 18:14
哦哦，懂了，谢老师，还有点问题请教一下
在我们新买的工作站 CPU 80%占用下，GPU好像没怎么利用上啊， ...

跑平衡模拟用NAMD3.0，跑自由能计算用NAMD2.15，你用19年的主程序肯定不会多快

WVzzz · 发表于 Post on 2021-8-20 11:49:20

fhh2626 发表于 2021-8-19 09:32
跑平衡模拟用NAMD3.0，跑自由能计算用NAMD2.15，你用19年的主程序肯定不会多快

好的，老师我试一下，多谢老师

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