如何对蛋白质某个区域设定机械力

cxwudi

想对蛋白质中特定区域施加一个机械力，沿X、Y、Z中的某一个轴拉伸，加载速率为1N/S（弹簧常数1.66*10^9N/nm , 速度 1*10^9nm/s）。因为是新手，在这方面不太懂，只知道gmx可以用来做牵引力模拟。有几个问题想请求过来人帮忙指点一二：
1. 一般都需要先对蛋白质进行能量最小化，然后用这个结构做后续。在设定区域的时候，需要对除设定力的区域以为做冻结吗？还是在力存在的过程中蛋白质整体结构都会变化？
2. 在哪里可以找到比较全面的学习这方面的内容？或者有教材教程之类的可以参考。
3. 设置组的时候怎么才算比较合理？

Seyilaxa

1.根据你的模拟目的而定，如果想研究蛋白在力的作用下可能发生的变化，显然不能在正式模拟时冻结其他部分。而且在大部分情况下，除非有十分充分的理由（例如明确被冻结的部分不会发生变化且不是研究所关注的重点），都不应该人为设定冻结。
2.公社有关于伞型采样的帖子或许能帮到你 http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html
3.所有的合理都是基于研究对象而言的，理解了拉伸动力学的原理之后根据你的体系进行判断

cxwudi

Seyilaxa 发表于 2024-4-23 12:25
1.根据你的模拟目的而定，如果想研究蛋白在力的作用下可能发生的变化，显然不能在正式模拟时冻结其他部分。 ...

感谢感谢，我学习一下。