求助gmx_mmpbsa 计算MMPBSA列表索引超出范围

ymk1212 · 发表于 Post on 2024-1-19 17:35:47

我参考官网教程计算MMPBSA 自由能，但是出现列表索引超出范围的错误，特请教大神，非常感谢！
IndexError: list index out of range
Error occurred on rank 0.
Exiting. All files have been retained.
Abort(1) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

ymk1212 · 发表于 Post on 2024-1-23 10:15:20

问题解决啦

chanchan · 发表于 Post on 2024-5-7 15:35:13

你好楼主，我想问下怎么解决这个问题的呢

ymk1212 · 发表于 Post on 2024-5-11 10:31:43

chanchan 发表于 2024-5-7 15:35
你好楼主，我想问下怎么解决这个问题的呢

我的问题是top文件中include *.itp这些文件的顺序不对，调整以下顺序就好了

chanchan · 发表于 Post on 2024-5-14 09:38:30

好的，谢谢楼主！我的问题好像是体系太大，我把index索引删除到只剩自己需要的索引组就行了

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[GROMACS] 求助gmx_mmpbsa 计算MMPBSA列表索引超出范围

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