openMolcas安装后运行报错

wxhwbh

编译好openmolcas后，运行pymolcas xxx.input会报错
"/home/wbh/soft/openMolcas/build" is not a valid MOLCAS installation
想问问要怎么解决呢？

zjxitcc

可能是MOLCAS环境变量没写对。export MOLCAS=一个目录，该 目录/bin 下需存在alaska.exe等众多.exe文件。这个目录的位置取决于你的安装方式，例如可能是OpenMolcas/builds/intel_normal_omp_mkl，也可能是OpenMolcas/，这两个目录下可能都有bin目录，根据自己实际情况找找可执行文件的目录，然后修改。注意不要把bin也写到环境变量里。

至于pymolcas的位置则比较随意，它可以与.exe文件存放于不同的目录，也可以一样，只要求把存放pymolcas的目录导出环境变量export PATH=就行

wxhwbh

zjxitcc 发表于 2020-11-23 15:23
可能是MOLCAS环境变量没写对。export MOLCAS=一个目录，该 目录/bin 下需存在alaska.exe等众多.exe文件。这 ...

已经配置了export MOLCAS=/home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build, 这个目录下有\bin目录，里面都是exe可执行文件。在任意目录直接输入pymolcas可以看到
usage: pymolcas [options] [input_file | script ...]

MOLCAS has been found at /home/public/wbh/soft/OpenMolcas

positional arguments:
  input_file | script                     input file or script
  ...                                     additional arguments passed to the script

optional arguments:
  -h, --help                              show this help message and exit
  -s, --setup                             set up a custom molcasrc file with useful environment variables
  -env, --environment                     display information about environment
  -clean, --clean_scratch                 clean scratch area after calculation
  -new, --new_scratch                     clean scratch area before calculation
  -old, --old_scratch                     reuse scratch area (default)
  -ign, --ignore_environment              run ignoring resource files
  -val, --validate                        validate input only (dry run)
  -np NPROCS, --nprocs NPROCS             number of parallel (MPI) processes
  -v, --version                           print version of the driver
  -o FILE, --output FILE                  redirect output stream to FILE
  -e FILE, --error FILE                   redirect error stream to FILE
  -oe FILE, -eo FILE, --outputerror FILE  redirect output and error streams to FILE
  -f, --files                             redirect output/error streams to standard files (*.log and *.err)
  -b BUFFER, --buffer BUFFER              buffer size for input/error files (-1: default, 0: none, 1: line, n: n bytes)
  --banner                                print banner (includes version and compilation info)
  --not-here                              do not try to find MOLCAS in the current directory (and parents)

但带上输入文件运行pymolcas xxx.input还是报错：

"/home/wbh/soft/openMolcas/build" is not a valid MOLCAS installation

zjxitcc

你确定build, builds没有拼写错误？你执行ls 路径看下，确定拼写无误

thanhtam

你是不是把OpenMolcas的大小写拼错了
而且到底是/home/public/wbh还是/home/wbh？

wxhwbh

zjxitcc 发表于 2020-11-23 15:43
你确定build, builds没有拼写错误？你执行ls 路径看下，确定拼写无误

没有，build就是我编译时创建的目录。

wxhwbh

thanhtam 发表于 2020-11-23 15:46
你是不是把OpenMolcas的大小写拼错了
而且到底是/home/public/wbh还是/home/wbh？

你是指哪里的拼写？

thanhtam

wxhwbh 发表于 2020-11-23 15:56
你是指哪里的拼写？

你写的环境变量是export MOLCAS=/home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build
但是报错是"/home/wbh/soft/openMolcas/build" is not a valid MOLCAS installation

这俩路径不一样啊，后者是哪里来的

wxhwbh

thanhtam 发表于 2020-11-23 15:59
你写的环境变量是export MOLCAS=/home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build
但是报错是"/home/wbh/soft/op ...

我的问题，报错是
"/home/public/wbh/soft/OpenMolcas" is not a valid MOLCAS installation

zjxitcc

说实话，得看ls /home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build/bin的截图，和你export MOLCAS的截图，有图有证据

wxhwbh

zjxitcc 发表于 2020-11-23 16:22
说实话，得看ls /home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build/bin的截图，和你export MOLCAS的截图，有图有证据 ...

zjxitcc

wxhwbh 发表于 2020-11-23 16:39

你再echo $MOLCAS看看，或者退出节点再登录试试，我目前只能这么猜了。

wxhwbh

zjxitcc 发表于 2020-11-23 17:06
你再echo $MOLCAS看看，或者退出节点再登录试试，我目前只能这么猜了。

谢谢，不过echo还是build的地址，重新登录也是老样子。

zjxitcc

wxhwbh 发表于 2020-11-23 19:52
谢谢，不过echo还是build的地址，重新登录也是老样子。

有没试过把build下的内容全删掉，重新编译一遍？因为如果之前有编译失败的话，产生的Makefile文件里会含有以往的路径信息，不知道对你有没影响。

hebrewsnabla

俺也编译了一个OpenMolcas，遇到了同样的问题，不知楼主解决没有。

这里的问题在于，不论echo $MOLCAS的结果为何，pymolcas认为的MOLCAS环境变量的值始终不变，而且并不是等于“以往“的设置，而是等于OpenMolcas源代码所在目录。。。重启也没用
然后我看了一下pymolcas源码里面的逻辑，发现就是一个简单的os.environ.get()
这就非常令人费解了……