如何得到硝酸根的CL&P力场参数？

秋白纳 · 发表于 Post on 2024-5-11 12:10:25

我读到一篇文章，模拟了硝酸镧的在水中的溶解过程，硝酸根力场参数使用的是CL&P的，我想重复该文章的内容，但是我不知道硝酸根CL&P的力场参数该怎么得到。
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.7b12571，这是文章链接。

牧生 · 发表于 Post on 2024-5-11 13:43:41

本帖最后由牧生于 2024-5-11 16:39 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-37281-1-1.html

autoff可以做

Huschein · 发表于 Post on 2024-5-11 16:28:14

最简单的方法就是email作者问他怎么做

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-12 03:21:14

http://sobereva.com/soft/Sobtop产生硝酸根的拓扑文件是最容易的，如果那篇文章给了专门的LJ参数、原子电荷等，自己手动编辑sobtop给的拓扑文件加进去

秋白纳 · 发表于 Post on 2024-5-14 09:54:11

牧生发表于 2024-5-11 13:43
http://bbs.keinsci.com/thread-37281-1-1.html

autoff可以做

这里我找过啦，硝酸根作者用的是离子液体的参数，这个云上边只有OPLS IL的参数，没有CL&P的。

秋白纳 · 发表于 Post on 2024-5-14 09:55:59

Huschein 发表于 2024-5-11 16:28
最简单的方法就是email作者问他怎么做

发邮件问了，人家说东西在云上，等上线了马上给我回复，但是过去快两个星期了，可能作者是婉拒的意思吧。。

秋白纳 · 发表于 Post on 2024-5-14 10:01:59

sobereva 发表于 2024-5-12 03:21
http://sobereva.com/soft/Sobtop产生硝酸根的拓扑文件是最容易的，如果那篇文章给了专门的LJ参数、原子电 ...

作者引用了CL%P的一篇文章，那里边有写参数，我拿来试过了，但是结果不一样。

秋白纳 · 发表于 Post on 2024-5-14 10:04:16

牧生发表于 2024-5-11 13:43
http://bbs.keinsci.com/thread-37281-1-1.html

autoff可以做

GitHub上有人整理过CL&P的离子液体力场，但我在这里也没有找到。
https://github.com/paduagroup/clandp

Huschein · 发表于 Post on 2024-5-15 16:12:40

秋白纳发表于 2024-5-14 09:55
发邮件问了，人家说东西在云上，等上线了马上给我回复，但是过去快两个星期了，可能作者是婉拒的意思吧。 ...

啥婉拒？发了paper还能婉拒你？纯粹忙忘了这件事而已，你直接继续email就完事了，真拒绝就不回你邮件了

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[GROMACS] 如何得到硝酸根的CL&P力场参数？