autodockTools进行小分子配体预处理遇到问题

ngaoo · 发表于 Post on 2024-5-15 09:00:35

使用autodockTools 进行小分子的处理。
加氢，计算电荷，指定为对接小分子，detect root,choose torsions 后输出为pdbqt后发现原先的pdb的28个原子在pdbqt里显示为26个
想请问老师这是因为啥，影响后面的操作吗？

EA.pdbqt (2.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

ea.pdb (4.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2024-5-15 16:36:53

这是正常的，你可以看autodock的用户手册，非极性氢的电荷会被合并到相邻的C原子上，然后在分子模型中移除，从而简化分子的表示方式。

ngaoo · 发表于 Post on 2024-5-16 13:35:54

KAIMISITERUI 发表于 2024-5-15 16:36
这是正常的，你可以看autodock的用户手册，非极性氢的电荷会被合并到相邻的C原子上，然后在分子模型中移除 ...

谢谢你的回答

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