VMD统计距离中心分子3.5埃以内的小分子个数时如何避免分子跨过盒子边缘统计不上

lina1102

如题，图片中紫色为中心分子A，周围有绿色小分子B（含14个原子），我想统计轨迹中（共2000帧）距离A中心分子3.5埃以内的B分子个数的变化，但是轨迹中会因为周期性原因，一部分B小分子跨过盒子到了另一侧，我用以下脚本做统计时，发现跨过盒子的小分子是统计不上的，我理解的是VMD统计的时候是按照各原子的坐标去计算的，所以明显另一侧的小分子不在within 3.5范围内，这种情况该如何避免才能更准确得统计呢？



set result [open num_B_within_3.5_of_A.txt w]
set sel [atomselect top "same residue as resname B and (within 3.5 of resname A)"]
for {set i 0} {$i<=2000} {incr i 10} {
$sel frame $i
$sel update
puts $result "$i [expr double([$sel num]/14)]"
}
close $result

轨迹已经过-mol处理了，我试过用-nojump处理，统计的个数更少了，有周期性应该还是-mol更准确吧。

fhh2626

用pbc wrap将A分子移动到盒子中心

sobereva

用pbwithin代替within

DwyaneWan

sobereva 发表于 2024-5-21 10:31
用pbwithin代替within

请问sob老师，如果用 sqr(x-5)+sqr(y+4)+sqr(z) < sqr(5)，是否会考虑周期边界条件？

sobereva

DwyaneWan 发表于 2024-5-22 02:24
请问sob老师，如果用 sqr(x-5)+sqr(y+4)+sqr(z) < sqr(5)，是否会考虑周期边界条件？

不会