求助，在成品模拟出现如下提示是意味着NPT没有做好吗

jlyjlysjd

在最后的成品模拟出运行时，出现如下提示是意味着NPT没有做好吗，是不是还是处于不稳定状态呢？
这样的提示，总的提示了3步。
附：prd.mdp
integrator               = md        
dt                       = 0.002     
nsteps                   = 2500000   

nstenergy                = 5000
nstlog                   = 5000
nstxout-compressed       = 2000

continuation             = yes
constraint-algorithm     = lincs
constraints              = h-bonds


cutoff-scheme            = Verlet

coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0

vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres

tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = System
tau-t                    = 0.2
ref-t                    = 298.15


pcoupl                   = Parrinello-Rahman
tau_p                    = 1.0
compressibility          = 4.46e-5
ref_p                    = 1.0


分子数不算太多，大约5000多个

Seyilaxa

先观察轨迹看看报错前后系统有没有什么异常现象

jlyjlysjd

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 13:24
先观察轨迹看看报错前后系统有没有什么异常现象

请问我刚刚跑完成品模拟，截取到最后一帧，查看结果，感觉是很合理的，这样是不是可以说明这个系统是正常的，可以忽视这个提示信息呢

Seyilaxa

jlyjlysjd 发表于 2024-6-2 16:36
请问我刚刚跑完成品模拟，截取到最后一帧，查看结果，感觉是很合理的，这样是不是可以说明这个系统是正常 ...

如果明确体系没有出现异常倒是没什么大问题，PR压浴确实是容易出现振荡，尤其是体系没有完全平衡的时候
实在担心可以换社长推荐的C-rescale，原理上更好只是目前还不如PR普及

weimin6919

如果用的版本比较新的gmx就用C-rescale

jlyjlysjd

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 20:05
如果明确体系没有出现异常倒是没什么大问题，PR压浴确实是容易出现振荡，尤其是体系没有完全平衡的时候
...

好的谢谢

jlyjlysjd

weimin6919 发表于 2024-6-2 20:23
如果用的版本比较新的gmx就用C-rescale

好的谢谢