关于拓扑文件中电荷qtot与charge的问题

YuniJ

     前提：使用mcpb.py参数化了金属蛋白（两个ZN,mol2文件中ZN带2个正电荷）
     问题：转成gromacs格式后，top文件中关于ZN的qtot是2.450，charge为0，这是为什么呢？以下是top文件的一部分信息
        5087   M1   332   ZN1    ZN 5087     0.000000     65.40000 ; qtot 2.450
        5088   M2   333   ZN2    ZN 5088     0.000000     65.40000 ; qtot 2.450
        5089    c   334   FT1     C 5089     0.000000     12.01000 ; qtot 2.450
        5090   Y4   334   FT1    O1 5090     0.000000     16.00000 ; qtot 2.450
        5091   Y8   334   FT1    O2 5091     0.000000     16.00000 ; qtot 2.450

Seyilaxa

很明显是这部分的原子电荷都没有定义上
qtot指的是top文件到此为止的总电荷，贴出的这部分原子电荷都为0，所以qtot一直保持不变
我个人没有用过mcpb.py，所以也不清楚具体的操作，但是从原子电荷的方向出发考虑一下吧

YuniJ

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 22:37
很明显是这部分的原子电荷都没有定义上
qtot指的是top文件到此为止的总电荷，贴出的这部分原子电荷都为0， ...

好的，谢谢您！我去检查一下是否高斯优化部分出了问题，因为使用mcpb的过程中需要高斯优化，请问会和高斯优化有关系吗？

dayu8278

你看看在atomtype字段是否已经定义了电荷？gmx中原子电荷只在一处定义

YuniJ

dayu8278 发表于 2024-6-3 15:35
你看看在atomtype字段是否已经定义了电荷？gmx中原子电荷只在一处定义

你好，我刚才看了一下atomtype的charge都是0，我是把amber格式的拓扑转成了gromacs，这一块我没太理解为什么charge都是0