求助gromacs跑几个聚集分子的分散作用用什么方法比较好

Jisbudber · 发表于 Post on 2024-11-7 10:55:36

今年参加的gromacs培训班，gromacs模拟是参考乙醇＋水盒子。试了用百草枯（遇水会分散）和水这个体系，但是最后跑出来10个百草枯分子还是聚集在一起。
先是在分子数据库里面获取百草枯分子的sdf文件，再通过GV转成pdb和mol2，水分子就用GV直接画
然后用packmol构建BCQ+水盒子
用sobtop生成百草枯的itp文件
最后再用乙醇＋水盒子的em，eq，prod 的mdp文件跑gromacs

gromacs版本是gmx2020.3_GPU

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-11-7 15:29:10

看.itp文件，小分子有没有恰当设置原子电荷。以及用的什么水模型

Jisbudber · 发表于 Post on 2024-11-8 12:15:55

Seyilaxa 发表于 2024-11-7 15:29
看.itp文件，小分子有没有恰当设置原子电荷。以及用的什么水模型

好的谢谢大佬指点

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[GROMACS] 求助gromacs跑几个聚集分子的分散作用用什么方法比较好