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[GROMACS] 求助:在稀溶液中的相互作用能计算

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楼主
请问:我用GROMACS做了1个离子液体和1023个溶剂分子的动力学模拟,离子液体为[BmimOAC],溶剂分子是H2O,为什么算出来OAC-OAC间相互作用能是负值?阴离子和阴离子间相互作用不应该是正的,相互排斥吗?

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发表于 Post on 2024-6-10 23:33:34 | 只看该作者 Only view this author
看不懂你的情况
当前就一个[BmimOAC],算OAC和OAC的相互作用相当于算离子内的相互作用,不是你说的“阴离子和阴离子间”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-11 08:34:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-10 23:33
看不懂你的情况
当前就一个,算OAC和OAC的相互作用相当于算离子内的相互作用,不是你说的“阴离子和阴离子 ...

感谢老师回复,当前只有一个[BmimOAC],但是在计算相互作用能的时候Coul-SR:OAC-OAC相互作用能是-49.62(kJ/mol);LJ-SR:OAC-OAC是0 ; Coul-14是-40.38;LJ-14是0.76;是不是离子内的相互作用得是(Coul-14)+(LJ-14)?离子间相互作用能为0,因为只有一个OAC-?

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发表于 Post on 2024-6-12 02:59:32 | 只看该作者 Only view this author
马天湉 发表于 2024-6-11 08:34
感谢老师回复,当前只有一个,但是在计算相互作用能的时候Coul-SR:OAC-OAC相互作用能是-49.62(kJ/mol); ...

当前不存在离子间相互作用

Coul-SR:OAC-OAC是离子内的静电相互作用(前提是你用的cutoff方式算的静电作用,而且cutoff方式构建邻居列表)
LJ-14是离子内的1-4范德华作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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