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[综合交流] 怎么使用packmol把分子插入指定的位置

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请教一下各位老师,如下图,我应该怎么使用packmol把水分子插入图中红线标注那一层,并使之填满,其余的地方皆没有水分子

事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-6-19 22:02:44 | 只看该作者 Only view this author
用vmd就可以。

我昨天发的帖子还问这个问题呢。

http://bbs.keinsci.com/thread-46467-1-1.html

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发表于 Post on 2024-6-19 22:16:58 | 只看该作者 Only view this author
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-20 09:33:55 | 只看该作者 Only view this author
dayu8278 发表于 2024-6-19 22:02
用vmd就可以。

我昨天发的帖子还问这个问题呢。

您好,我看您的帖子是去除,而我的是加入水分子
事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-6-20 09:56:33 | 只看该作者 Only view this author
zhangs 发表于 2024-6-20 09:33
您好,我看您的帖子是去除,而我的是加入水分子

不是一回事么,你先用gmx solvate加水,然后去掉多余的水分子不就可以了?

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