在给蛋白配体复合物添加离子时提示topol.top文件出错？

12313 · 发表于 Post on 2024-6-17 11:36:29

本帖最后由 12313 于 2024-6-17 11:49 编辑

各位老师好，在给蛋白配体体系建立盒子后，我成功添加了水分子，但是在之后执行命令gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -o ions.tpr -p topol.top -maxwarn 6 后显示topol.top文件出错，具体为下图

这是我的topol.top文件的末尾部分,posre.itp是我的蛋白质限制文件

这配体的MOL.itp文件的末尾部分，posre_mol.itp是经过命令gmx genrestr -f 配体.gro -o posre_mol.itp产生

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-17 14:45:08

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-6-17 14:46 编辑

为什么要写成
#ifdef POSRES
#include "MOL.itp"
#endif

12313 · 发表于 Post on 2024-6-17 15:43:17

Seyilaxa 发表于 2024-6-17 14:45
为什么要写成
#ifdef POSRES
#include "MOL.itp"

是根据这个写的，老师

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-17 16:43:15

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-6-17 16:44 编辑

12313 发表于 2024-6-17 15:43
是根据这个写的，老师

这个是在MOL.itp里引用限制文件。
没有完整文件判断不出具体问题，但是你在.top文件里引用MOL.itp也用了ifdef语句，如果前面也没有正确引用，一般情况下gromacs当然识别不出MOL分子

12313 · 发表于 Post on 2024-6-17 17:02:16

Seyilaxa 发表于 2024-6-17 16:43
这个是在MOL.itp里引用限制文件。
没有完整文件判断不出具体问题，但是你在.top文件里引用MOL.itp也用了 ...

具体需要哪些完整文件，老师，我这就上传

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-17 19:25:01

12313 发表于 2024-6-17 17:02
具体需要哪些完整文件，老师，我这就上传

不需要，你就检查一下你在top文件里有没有#include "MOL.itp"这样的内容
注意不是
#ifdef POSRES
#include "MOL.itp"
#endif
这样写只有在define=DPOSRES的时候才会引用MOL.itp里面的内容

12313 · 发表于 Post on 2024-6-17 21:30:16

Seyilaxa 发表于 2024-6-17 19:25
不需要，你就检查一下你在top文件里有没有#include "MOL.itp"这样的内容
注意不是
#ifdef POSRES

老师，如果我在topol.top文件中删除标红的这一段，然后将#include "MOL.itp"添加到下一段，变成下面这样，可以解决问题吗？
; Ligand position restraints
#ifdef POSRES
#include "MOL.itp"
#include "posre_unk.itp"
#endif

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-18 01:23:14

12313 发表于 2024-6-17 21:30
老师，如果我在topol.top文件中删除标红的这一段，然后将#include "MOL.itp"添加到下一段，变成下面这 ...

不要把除了限制文件以外的东西放在#ifdef POSRES里（除非很明确地知道这样做的目的和效果），把标红的段改成一行#include "MOL.itp"试试

12313 · 发表于 Post on 2024-6-18 08:02:06

Seyilaxa 发表于 2024-6-18 01:23
不要把除了限制文件以外的东西放在#ifdef POSRES里（除非很明确地知道这样做的目的和效果），把标红的段 ...

好我试试，谢谢老师

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