从蛋白复合物挖出来的蛋白不稳定

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-12 16:19:49

之前蛋白没有结构，只能同源建模，今年在RCSB上才有了蛋白复合结构，但是复合物结构中我需要的蛋白结构是缺失、不完整的，然后又补全了蛋白结构，跑完单个蛋白100ns的RMSD以及Rg不稳定，尤其是Rg，临近100ns时甚至还出现了急剧下降的趋势，应该怎么办？如果再跑200ns的话，时间来不及了，求指教
我所想的就是到蛋白差不多稳定的时候取一帧结构，或者再用回同源建模的结构，或者别的方法请老师们解答

另外：我跑那个残缺的蛋白，时间很快，很稳定，相反，补全后的蛋白所需时间较长，也极不稳定

k64_cc · 发表于 Post on 2024-6-12 16:52:30

至少放一下补全之后的蛋白结构？是不是把chain首尾的loop区也补了？

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-12 17:08:28

本帖最后由 ccixrs 于 2024-6-12 17:10 编辑

C:\Users\lican\Desktop\danbai.png
这是我的补全后的蛋白结构，是的，补了loop区

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-12 17:12:53

k64_cc 发表于 2024-6-12 16:52
至少放一下补全之后的蛋白结构？是不是把chain首尾的loop区也补了？

麻烦看一下我下面发的，回复不知道怎么发图片，麻烦了，谢谢

18217265596 · 发表于 Post on 2024-6-13 15:07:47

这种首尾带loop的
你算带loop的rg肯定不稳定

k64_cc · 发表于 Post on 2024-6-13 22:00:54

ccixrs 发表于 2024-6-12 17:08
这是我的补全后的蛋白结构，是的，补了loop区

头尾的loop有时候比有稳定结构的区间都长。除非你有比较明确的、loop有实际作用的机理，不然首尾的loop完全可以截掉的。

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-14 09:48:32

18217265596 发表于 2024-6-13 15:07
这种首尾带loop的
你算带loop的rg肯定不稳定

那我直接用复合物挖出来的跑吗？可是它是缺残基的，不用补全吗

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-14 09:56:03

k64_cc 发表于 2024-6-13 22:00
头尾的loop有时候比有稳定结构的区间都长。除非你有比较明确的、loop有实际作用的机理，不然首尾的loop完 ...

但是我挖出来的蛋白中间有一部分是缺失的，就像我发的另外一个图片这样，麻烦您看一下，缺失的难道就是loop区吗？求指教
如果直接用挖出来的没有loop区结构的，我跑动力学模拟或者做分子对接是不是也完全可以，没有什么影响呢

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-14 09:56:53

这是蛋白中间缺失的残基，这些残基会不会是loop区呢

tomwong4253 · 发表于 Post on 2024-6-14 11:57:00

loop结构本来就容易伸展或者收缩，你需要补全的氨基酸多到一定程度，初猜的因素就太大了，RMSD全凭心情。我建议你还是多跑跑，一个不稳当的RMSD很容易被问的。顺带一提，目测你这七个螺旋玩意是GPCR吧，你确定不需要放到膜里跑吗？

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-14 15:09:43

tomwong4253 发表于 2024-6-14 11:57
loop结构本来就容易伸展或者收缩，你需要补全的氨基酸多到一定程度，初猜的因素就太大了，RMSD全凭心情。我 ...

loop区大概有一百多点的残基，那我是加上loop区继续跑动力学模拟吗？
请问研究膜蛋白与小分子相互作用的话，做实验是不是要做细胞实验呢？

tomwong4253 · 发表于 Post on 2024-6-14 15:47:16

“那我是加上loop区继续跑动力学模拟吗”，看你的需求。
一百多个氨基酸不少了，如果加上以后RMSD之类的不好看，那就准备做好解释。
如果不加，那就准备回答审稿人“为什么不加”的问题。
研究蛋白和小分子相互作用的方法多得很，你要说清楚具体研究什么。

k64_cc · 发表于 Post on 2024-6-16 12:33:56

ccixrs 发表于 2024-6-14 09:56
但是我挖出来的蛋白中间有一部分是缺失的，就像我发的另外一个图片这样，麻烦您看一下，缺失的难道就是lo ...

多看看别人怎么跑的。做GPCR+ligand的那么多，还没见过几个头尾留下一坨loop的。

常用的蛋白补全工具都可以挑选需要补全的片段，自然可以只补中间不补头尾。实在不行你用charmm-gui吧，别自己折腾了。

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-20 17:09:52

k64_cc 发表于 2024-6-16 12:33
多看看别人怎么跑的。做GPCR+ligand的那么多，还没见过几个头尾留下一坨loop的。

常用的蛋白补全工具 ...

好的，多谢

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-20 17:10:17

tomwong4253 发表于 2024-6-14 15:47
“那我是加上loop区继续跑动力学模拟吗”，看你的需求。
一百多个氨基酸不少了，如果加上以后RMSD之类的不 ...

多谢，我大概知道了

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