关于蛋白质和一个疏水平面做吸附模拟 如何建模，用VMD移动分子很难定向和控制距离

雨中宇

各位老师好，我想请教一下我要做蛋白质与PET面的吸附模拟，目前用MS成功构建了PET晶面结构，并且通过手动改变键连关系，将跨越周期的键显示出来并保存在mol2文件中。
我想将我的蛋白质具有结合残基的那面与PET面相隔8埃，并保持平行，尝试用Packmol，可能是限制条件总加错的缘故，无法成功生成我想要的结构，不知道怎么改变以及固定蛋白质和PET面的朝向，或者将整体平动，后来用VMD中Mouse中的move移动蛋白和面使其对齐，很难控制平移的效果，并且空间中的平移该如何更好地控制呢。
输入的input文件
tolerance   2.0
file type    pdb
output PET-3D30.pdb
add_box_sides
structure crystal.pdb
number  1
inside box 0.0.0.70.40.30
end structure
structure 3D30.pdb
number 1
overplane 0 0 1 30
end structure

naoki

就用M$继续建模吧挺方便的。在可视化窗口中把蛋白复制到PET盒子里，然后手动调整位置角度，或者用movement模块精确调整。

雨中宇

好的我试试

雨中宇

naoki 发表于 2024-6-25 16:02
就用M$继续建模吧挺方便的。在可视化窗口中把蛋白复制到PET盒子里，然后手动调整位置角度，或者用movement ...

请问一下，我构建好的PET晶面是扩胞后形成的，是一个周期性的盒子，我发现我的蛋白质很大，而构建的盒子很小，是需要手动更改盒子的大小吗

naoki

雨中宇 发表于 2024-6-25 17:47
请问一下，我构建好的PET晶面是扩胞后形成的，是一个周期性的盒子，我发现我的蛋白质很大，而构建的盒子 ...

xy方向构建超胞使之能容纳下蛋白，z方向直接rebuild crystal把c改大

雨中宇

naoki 发表于 2024-6-25 18:38
xy方向构建超胞使之能容纳下蛋白，z方向直接rebuild crystal把c改大

好的，谢谢老师，我还想问一下调整好间距和位置后，该如何保存用作后面的GRoamcs模拟

ljs

导出pdb文件，然后用editconf命令转成gro文件，editconf可以调盒子大小。

雨中宇

ljs 发表于 2024-6-25 21:05
导出pdb文件，然后用editconf命令转成gro文件，editconf可以调盒子大小。

好的，谢谢老师

雨中宇

ljs 发表于 2024-6-25 21:05
导出pdb文件，然后用editconf命令转成gro文件，editconf可以调盒子大小。

蛋白质和晶面结构的top和itp文件，是不是需要将晶面结构和蛋白质分别保存

ljs

跑的时候，只有一个gro文件。最后的结构肯定在一个文件里面。然后我自己理解gro和top的对应就是按照顺序，一对一，二对二

sobereva

用VMD里的几何操作命令就完了
例：
atomselect0 moveby {1 1 6}：把所选原子按(1,1,6)矢量移动
atomselect0 moveto {3 6 5}：把所选原子移动到(3,6,5)位置
此处atomselect0是某atomselect对象

雨中宇

ljs 发表于 2024-6-25 22:07
跑的时候，只有一个gro文件。最后的结构肯定在一个文件里面。然后我自己理解gro和top的对应就是按照顺序， ...

你好，我发现我在MS盒子里将蛋白质和晶面结构调整好位置后，导出为PDB格式，用其他软件可如VMD、PYMOL等软件可视化后，偏离我最初设定的位置。这该怎么办。还有老师你说的生成gro文件后，是应该用gommp 重新将其生成top，然后将两者顺序呈对应关系