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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 关于GaussView内坐标gjf文件生成序号顺序不一致的问题
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[新手求助] 关于GaussView内坐标gjf文件生成序号顺序不一致的问题

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wuruiqi2001

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发表于 Post on 2024-6-30 10:39:08 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
各位老师，学生在做量化练习时偶然遇到一个问题：

对于同一个体系的两个不同的log文件，例如一个基态，一个激发态log文件
两个文件的原子编号在GaussView中保持一致
将两者都保存为分子内坐标形式的gjf输入文件，出现键长、键角和二面角的顺序不一致的情况

  1. C              
  2. C                  1            B1
  3. C                  2            B2    1            A1
  4. C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
  5. C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
  6. C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
  7. B                  4            B6    3            A5    2            D4    0
  8. C                  7            B7    4            A6    3            D5    0
  9. C                  7            B8    4            A7    3            D6    0
  10. C                  8            B9    7            A8    4            D7    0
  11. C                 10           B10    8            A9    7            D8    0
  12. C                 11           B11   10           A10    8            D9    0
  13. C                 12           B12   11           A11   10           D10    0
  14. C                 13           B13   12           A12   11           D11    0
  15. N                  3           B14    2           A13    1           D12    0
  16. C                 15           B15    3           A14    2           D13    0
  17. C                 15           B16    3           A15    2           D14    0
  18. N                 10           B17    8           A16    7           D15    0
  19. C                 18           B18   10           A17    8           D16    0
  20. C                 18           B19   10           A18    8           D17    0
  21. C                 16           B20   15           A19    3           D18    0
  22. C                 21           B21   16           A20   15           D19    0
  23. C                 22           B22   21           A21   16           D20    0
  24. C                 19           B23   18           A22   10           D21    0
  25. C                 24           B24   19           A23   18           D22    0
  26. C                 25           B25   24           A24   19           D23    0
  27. C                 26           B26   25           A25   24           D24    0
  28. C                 27           B27   26           A26   25           D25    0
  29. C                  2           B28    1           A27    6           D26    0
  30. C                 29           B29    2           A28    1           D27    0
复制代码
  1. C              
  2. C                  1            B1
  3. C                  2            B2    1            A1
  4. C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
  5. C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
  6. C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
  7. B                  4            B6    3            A5    2            D4    0
  8. C                  7            B7    4            A6    3            D5    0
  9. C                  7            B8    4            A7    3            D6    0
  10. C                  8            B9    7            A8    4            D7    0
  11. C                 10           B10    8            A9    7            D8    0
  12. C                 11           B11   10           A10    8            D9    0
  13. C                 12           B12   11           A11   10           D10    0
  14. C                 13           B13   12           A12   11           D11    0
  15. N                  3           B14    2           A13    1           D12    0
  16. C                 15           B15    3           A14    2           D13    0
  17. C                 15           B16    3           A15    2           D14    0
  18. N                 10           B17    8           A16    7           D15    0
  19. C                 18           B18   10           A17    8           D16    0
  20. C                 18           B19   10           A18    8           D17    0
  21. C                 16           B20   15           A19    3           D18    0
  22. C                 21           B21   16           A20   15           D19    0
  23. C                 22           B22   21           A21   16           D20    0
  24. C                 19           B23   18           A22   10           D21    0
  25. C                 24           B24   19           A23   18           D22    0
  26. C                 25           B25   24           A24   19           D23    0
  27. C                 26           B26   25           A25   24           D24    0
  28. C                 27           B27   26           A26   25           D25    0
  29. C                 17           B28   15           A27    3           D26    0
  30. C                 29           B29   17           A28   15           D27    0
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比如两个文件中最后两行的内坐标表示的不一致

我想请问一下，这种情况是正常的嘛，如果是正常的，如何表示跟什么有关，如何将gjf文件的内坐标保持一致呢？
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乐平

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发表于 Post on 2024-6-30 10:51:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2024-6-30 15:30 编辑

内坐标本来就不是唯一的，只要结构一致就行。
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wuruiqi2001

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 10:56:12 | 只看该作者 Only view this author
好的老师，结构是一致的，但是学生还是想问一下就是这个内坐标的生成顺序是有什么说法吗，生成的顺序跟什么有关呢
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sobereva

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发表于 Post on 2024-6-30 13:52:39 | 只看该作者 Only view this author
程序有内建规则，开发者才最清楚
先保存成笛卡尔坐标，再载入gview，然后重新保存成内坐标的形式，内坐标的定义方式就应当一致了。前提是两个状态在gview里的成键关系一致、原子顺序一致
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大的量子化学波函数分析程序）
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!
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wuruiqi2001

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 14:30:10 | 只看该作者 Only view this author
好的，感谢sob老师解答
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