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[综合交流] 想用GMX模拟硅酸盐玻璃,怎样建立硅酸盐玻璃的结构呢?

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各位老师好!我想用Gromacs模拟硅酸盐玻璃,涉及到Mg、Al、Si、O四种元素,玻璃结构是个比较随机的三维网络,那么怎样建立硅酸盐玻璃的结构呢?我看到LAMMPS是按几种元素的摩尔比例随机摆放原子建立初始结构,可是对于Gromacs该怎么办呢?感谢各位老师关注与指教!
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发表于 Post on 2024-7-3 19:48:31 | 只看该作者 Only view this author
应该能找到化学组成差不多的晶体结构,弄成超跑,用CP2K跑高温的AIMD然后退火
GROMACS未必适合这个,看具体什么条件下模拟什么问题

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yihanxu + 5 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-9 18:06:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2024-7-9 18:33 编辑
sobereva 发表于 2024-7-3 19:48
应该能找到化学组成差不多的晶体结构,弄成超跑,用CP2K跑高温的AIMD然后退火
GROMACS未必适合这个,看具 ...

谢谢sob老师,为什么说GROMACS未必适合呢?interface力场可以用于无定形二氧化硅吗?
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发表于 Post on 2024-7-10 14:44:01 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2024-7-9 18:06
谢谢sob老师,为什么说GROMACS未必适合呢?interface力场可以用于无定形二氧化硅吗?

在于适合的力场里未必有GROMACS能够支持的形式。特别是如果做退火模拟中牵扯到化学键成键断键过程,那是GROMACS肯定模拟不了的。
某类体系能用什么力场搜文献便知

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-10 17:58:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2024-7-10 18:26 编辑
sobereva 发表于 2024-7-10 14:44
在于适合的力场里未必有GROMACS能够支持的形式。特别是如果做退火模拟中牵扯到化学键成键断键过程,那是G ...

谢谢sob老师!如果力学过程不涉及断键只涉及分子间作用的变化是不是都可以用GMX的拉伸动力学去模拟呢,比如模拟复合材料在拉伸、压缩、剪切条件下的破坏机理,即玻璃与高分子材料界面之间或高分子分子间的脱粘,GMX的拉伸动力学是可以做到的吗?我在文献中看到过用GMX模拟硅酸盐,是不是可以拿来用就行呢,拉伸动力学对力场参数及其形式有什么特别要求吗?另外如果构建硅酸盐结构太麻烦的话我考虑用SiO2代替硅酸盐做模拟,INTERFACE力场可以模拟晶态SiO2,但是我不懂它适不适合无定形形式的?
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发表于 Post on 2024-7-10 23:17:31 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2024-7-10 17:58
谢谢sob老师!如果力学过程不涉及断键只涉及分子间作用的变化是不是都可以用GMX的拉伸动力学去模拟呢,比 ...

是。但是不能拉伸得过头,大多数力场主要只能对势能面极小点附近的势能面特征有合理描述
只要有文献用了gromacs模拟,说明那种问题肯定能用gromacs
有像样的文献用过就可以用

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yihanxu + 5 谢谢sob老师

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