gromacs gmx hbond如何计算多条分子链之间的氢键

Sunca · 发表于 Post on 2024-7-21 18:53:11

我的模拟体系有10条多糖链，我想计算链聚集过程中的链间氢键数量变化，我一开始之间把所有链归为一个group然后gmx hbond计算时选择两次该group，结果计算出来的氢键我发现包含了糖链分子内氢键，如果每条链都定义一个group，那两两链之间我得一共计算45次然后把结果相加，这太麻烦了。
我想知道有没有简捷的办法？编写一个脚本来算？但是我不会写脚本

，求大佬帮忙、指教。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-21 23:39:56

实在不想写脚本，可以把所有的氢键算上，然后算十次每条链内的氢键再相减
把十条链分好组后写个.sh脚本也很快

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-26 06:04:24

正经做动力学模拟的人不会写shell脚本根本寸步难行，早学早受益，不会shell脚本跟原始人无异。参考下文了解shell脚本编写常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

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