求助，做PMF时，直方图做不出来，什么原因

wgg1181543722 · 发表于 Post on 2021-1-29 17:13:51

本帖最后由 wgg1181543722 于 2021-1-29 17:15 编辑

我最近还是在做pmf，可无论怎么做，做出来的直方图都是一个峰，PMF图也是乱糟糟的，实在是没办法，在这里求助一下大佬，麻烦你们抽空帮我看一下问题出在哪里，
注：我是严格按照附件的文献做的，附件还包含了模拟用到的mdp文件

k64_cc · 发表于 Post on 2021-1-29 18:41:35

这文献里什么破data，error搞这么大……

naoki · 发表于 Post on 2021-6-2 12:08:59

k64_cc 发表于 2021-1-29 18:41
这文献里什么破data，error搞这么大……

想请教下您，对于PMF，约1 kJ/mol的error bar算大吗

k64_cc · 发表于 Post on 2021-6-2 16:08:42

naoki 发表于 2021-6-2 12:08
想请教下您，对于PMF，约1 kJ/mol的error bar算大吗

对于这个文献来讲，能垒也就2kJ/mol上下，1kJ的误差就有些不可接受了。如果降低误差有难度还则罢了，但是对于US来说，降低误差就是一个力大砖飞的活，多sample就好了。需要做，可以做，但是没做，就不太行。

naoki · 发表于 Post on 2021-6-2 16:49:43

k64_cc 发表于 2021-6-2 16:08
对于这个文献来讲，能垒也就2kJ/mol上下，1kJ的误差就有些不可接受了。如果降低误差有难度还则罢了，但是 ...

明白了，谢谢~

naoki · 发表于 Post on 2021-6-3 14:17:06

k64_cc 发表于 2021-6-2 16:08
对于这个文献来讲，能垒也就2kJ/mol上下，1kJ的误差就有些不可接受了。如果降低误差有难度还则罢了，但是 ...

我还想请教一下您，我跑三个平行的拉伸动力学准备做error bar时发现，三组平行的PMF曲线的横坐标距离不是完全一样的，比如第一组在0.25 nm处有个PMF值，第二组在0.26处有值，这种情况怎么做error bar呢，谢谢！

FrancisCho · 发表于 Post on 2024-7-24 09:23:21

您好，能发一下您的gro，top，itp文件嘛？我想做一下复现

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