VMD能否用三个晶胞参数矢量矩阵来设置周期性边界条件？

乐平

通常在 VMD 中设置周期性边界条件的命令是

1. pbc set {a b c alpha beta gamma} -all

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如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 pbc wrap -all 将它们移回到盒子里。

但是，我这个结构出现一点小问题。原本是六方 SiC ，经过晶格矢量转换变成了正交的，然后扩胞。
POSCAR 里的晶胞参数为

1. 4.6274639999999998   8.0150009999999998    0.0000000000000000
   
2. -9.2549259999999993   5.3433339999999996    0.0000000000000000
   
3. 0.0000000000000000   0.0000000000000000   10.0964620000000007
   

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在 VESTA 里显示效果如下，a, b, c, alpha, beta, gamma 分别为  9.25493, 10.68667, 10.09646, 90.0000,  90.0000,  90.0000


但是，用 NVT 系综跑了 AIMD 一段时间之后，将 .xyz 文件导入到 VMD 中。如果仍然按照  pbc set {9.25493, 10.68667, 10.09646, 90.0000,  90.0000,  90.0000} -all  设置，效果如下



可以发现，晶体结构和盒子发生了偏移，确切地说，应该是形成了一定的角度，而仅仅是水平方向的偏移。
本以为通过 pbc wrap -all 将原子全部移回到盒子里就解决了。但是，wrap 之后，发现盒子里出现原子“空缺”的情况，如下：


我猜测，可能是 pbc set {9.25493, 10.68667, 10.09646, 90.0000,  90.0000,  90.0000} -all  命令绘制的盒子与晶体结构之间存在角度的原因，如下：


我想问的是，能否用 3 x 3 的矩阵形式的晶胞参数来绘制周期性边界条件盒子，即用

1. 4.6274639999999998   8.0150009999999998    0.0000000000000000
   
2. -9.2549259999999993   5.3433339999999996    0.0000000000000000
   
3. 0.0000000000000000   0.0000000000000000   10.0964620000000007

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也许比用 9.25493, 10.68667, 10.09646, 90.0000,  90.0000,  90.0000 更贴合晶体结构？


于是我尝试了

1. pbc set cell {4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5.3433339999999996 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 10.0964620000000007} -all
   
2. 
   

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结果报错

1. ERROR: pbcset: unknown option: 4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5.3433339999999996 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 10.0964620000000007
   
2. 
   

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搜了一下 VMD 官网
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/
set cell [options…]


于是尝试

1. set cell {4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5.3433339999999996 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 10.0964620000000007} -all
   
2. 
   

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报错

1. wrong # args: should be "set varName ?newValue?"
   
2. 
   

复制代码

尝试去掉 -all

1. (AIMD) 51 % set cell {4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5.3433339999999996 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 10.0964620000000007}
   
2. 4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5.3433339999999996 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 10.0964620000000007

复制代码

得到返回值
4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5.3433339999999996 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 10.0964620000000007


其实这就是输入的晶胞参数矩阵的数值……


于是尝试添加盒子

1. pbc box

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结果报错…… 说没有设置 pbc 参数

1. ERROR) Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?
   

复制代码

请教各位，能否用 3 x 3 的矩阵形式的晶胞参数来绘制周期性边界条件盒子？
谢谢！

slxc920113

提供一下结构文件呢

sobereva

VMD的盒子满足一般定义，即，a平行于x轴，b在XY平面上。需要让模拟过程中的晶胞也对应这种情况

乐平

slxc920113 发表于 2024-7-28 23:44
提供一下结构文件呢

文件比较大，切了前 20 帧。见附件
谢谢！

乐平

sobereva 发表于 2024-7-29 03:06
VMD的盒子满足一般定义，即，a平行于x轴，b在XY平面上。需要让模拟过程中的晶胞也对应这种情况

谢谢社长
也许我应该先把晶胞的朝向按 a平行于x轴，b在XY平面上调整好再模拟