计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 820|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] 报错求助:[mpiexec@a620] set_default_values (../../ui/mpich/utils.c:4663):

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

本帖最后由 Hillary 于 2023-7-16 16:36 编辑

计算任务一投入就出现这种报错,请问各位老师这是哪方面的问题?(计算任务是结构的优化)

联想截图_20230716100333.png (67.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

联想截图_20230716100333.png

279

帖子

2

威望

4423

eV
积分
4742

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

2#
发表于 Post on 2023-7-17 17:50:42 | 只看该作者 Only view this author
vasp版本是啥?另外,提任务用的是脚本还是是啥?请输入which mpiexec 和which ifort 截图返回值。

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-1 12:55:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hillary 于 2023-8-1 12:57 编辑

C:\Users\ztc18\Pictures\联想截图

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-1 12:55:53 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2023-7-17 17:50
vasp版本是啥?另外,提任务用的是脚本还是是啥?请输入which mpiexec 和which ifort 截图返回值。

是这个样子的,老师

联想截图_20230801125326.png (17.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

联想截图_20230801125326.png

279

帖子

2

威望

4423

eV
积分
4742

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

5#
发表于 Post on 2023-8-1 16:31:25 | 只看该作者 Only view this author
Hillary 发表于 2023-8-1 12:55
是这个样子的,老师

vasp版本是啥,提任务命令是啥。

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-1 18:00:51 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2023-8-1 16:31
vasp版本是啥,提任务命令是啥。

版本是 vasp.5.4.1,提交任务的命令是qsub vasp.pbs

279

帖子

2

威望

4423

eV
积分
4742

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

7#
发表于 Post on 2023-8-1 19:45:36 | 只看该作者 Only view this author
Hillary 发表于 2023-8-1 18:00
版本是 vasp.5.4.1,提交任务的命令是qsub vasp.pbs

vasp.pbs 内容贴出来。是所有任务都这样吗?

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-1 20:03:53 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2023-8-1 19:45
vasp.pbs 内容贴出来。是所有任务都这样吗?

不是,有的时候是这个样子,大部分时候是出现报错:/opt/gridview//pbs/dispatcher/mom_priv/jobs/6046.a620.SC: line 25: syntax error near unexpected token `done'
/opt/gridview//pbs/dispatcher/mom_priv/jobs/6046.a620.SC: line 25: `done'

联想截图_20230801200226.png (48.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

联想截图_20230801200226.png

279

帖子

2

威望

4423

eV
积分
4742

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

9#
发表于 Post on 2023-8-2 08:58:27 | 只看该作者 Only view this author
Hillary 发表于 2023-8-1 20:03
不是,有的时候是这个样子,大部分时候是出现报错:/opt/gridview//pbs/dispatcher/mom_priv/jobs/6046.a ...

你这脚本也太复杂了,我觉得很多没必要。如果你没有用module模块加载intelmpi,你应该在脚本里加export路径的。但是你which mpiexec 和 which ifot 都有返回值,证明你的intel环境是一直存在的,所以我不知道你为啥会出现最开始的那个问题。

不好意思,我能力不足。

你这个问题应该联系下超算管理员的。你既然用集群超算了,总不会一个负责人都没把?别人应该也有用vasp的,可以问问。

我个人觉得,你把脚本里面的done删了吧。说实话,mpirun那一行我没看懂,但是没报错就没事。

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-2 09:57:19 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2023-8-2 08:58
你这脚本也太复杂了,我觉得很多没必要。如果你没有用module模块加载intelmpi,你应该在脚本里加export路 ...

害!我就是计化小白一个,脚本其实也都看不太懂那个,非常感谢老师的指导,想再咨询一下老师,如果想能够自己分析一些报错或者脚本的编辑,我需要从哪方面入手补呢?再次感谢!

279

帖子

2

威望

4423

eV
积分
4742

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

11#
发表于 Post on 2023-8-2 13:31:09 | 只看该作者 Only view this author
Hillary 发表于 2023-8-2 09:57
害!我就是计化小白一个,脚本其实也都看不太懂那个,非常感谢老师的指导,想再咨询一下老师,如果想能够 ...

没啥需要补的,就是百度搜关键词,必应搜关键词,然后什么pbs脚本案例,B站上linux语言入门。要搞得很多,还不如遇到问题百度必应解决问题。

22

帖子

0

威望

213

eV
积分
235

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 09:42:54 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2023-8-2 13:31
没啥需要补的,就是百度搜关键词,必应搜关键词,然后什么pbs脚本案例,B站上linux语言入门。要搞得很多 ...

明白了,谢谢!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 06:27 , Processed in 0.172522 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list