VMD问题集：Tachyon渲染分子Polyhedra报错syntax error，及GLSL下两个球体显示瑕疵

Uus/pMeC6H4-/キ

在Windows 10中安装VMD for WIN32, version 1.9.3 (November 30, 2016)到D盘下，使用VMD时发现若干问题，以下导入一个甲烷分子的.xyz文件说明。

1. 5
   
2. CH4
   
3. C        0.000000000      0.000000000      0.000000000
   
4. H        0.422558507     -0.938711164     -0.363959878
   
5. H        0.601668461      0.835301983     -0.363959878
   
6. H        0.000000000      0.000000000      1.091879633
   
7. H       -1.024226968      0.103409180     -0.363959878

复制代码

问题1：用Tachyon渲染分子Polyhedra报错syntax error（编辑：火星了，多面体这个问题在这帖有写）
从菜单Graphics - Representations更改Drawing Method为Polyhedra，设距离截断为1.1。从菜单File - Render选择Tachyon渲染，渲染途中命令行报错：

1. Parse Error:
   
2.    Encountered a syntax error in file D:/vmdscene-polyhedral
   
3.    Expected to find N1
   
4.    Actually found: #QO
   
5.    Error occured at or prior to file offset 62486, line 2480
   
6.    Error position is only approximate, but should be close
   
7. 
   
8. Parse Error:
   
9.    Encountered a syntax error in file D:/vmdscene-polyhedral
   
10.    Expected to find N2
    
11.    Actually found: #QO
    
12.    Error occured at or prior to file offset 62492, line 2481
    
13.    Error position is only approximate, but should be close
    
14. 
    
15. Undefined texture '#IO', using default.
    
16. Parser failed due to an input file syntax error.
    
17. Aborting render.
    
18. Info) Rendering complete.

复制代码

结束后仅生成唯一文件vmdscene-polyhedral（如附件）而无图像文件，检查发现2394行开始出现形如“N0 1.#QO 1.#QO -1.#IO”的数据，而前面正常的行中N0后应接三个坐标数据。
vmdscene-polyhedral (65.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2024-5-22 16:53 上传 Uploaded

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作为对比，Drawing Method为CPK, Licorice, Bonds等其他选项时Tachyon渲染不报错。选用Polyhedra时将距离截断改为1.0及以下，渲染亦不报错；相应的输出文件在2389行前与前述一致，2389行后以End_Scene结束，但同时输出的.bmp图像中分子未能显示。

sobereva

程序bug。改用povray等其它方式渲染

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问题2：GLSL下正交视角显示球体阴影异常
问题3：GLSL下透视视角显示球体形状异常

在上次聊到VMD里的rock指令做测试时发现。切换Display - Rendermode为GLSL，设置Drawing Method为VDW或CPK或Licorice等涉及球体的画法，结果发现无论Orthographic的正交视角还是Perspective的透视视角都会给画面产生瑕疵，但具体表现不同。

用正交视角时，若把材质改成Glass2或Translucent或EdgeGlass，则只有z轴正好垂直屏幕向外或向内的画面里阴影正常，旋转分子改变z轴方向后原子球体表面深灰色阴影显示转折生硬的直线或像素弥散的弯曲边界。这样输入rock和rotate指令或在图形窗口拖动鼠标时很容易眼花。改变Light 0-3状态或Ray Tracing Options设置均不能消除。（编辑：查VMD目录下scripts/vmd/materials.dat发现这三种材质的Opacity透明度相近，自创新材质调节后发现其他参数不变时Opacity设置在0.5到1之间均能复现此问题）改透视视角时像素弥散的边界消失，但产生下段所述问题。

用透视视角时，无论何种材质，各原子球体都严重变形，呈现多个球面相交样、随方向切换的沟壑和尖角，调相关参数扩大半径后更加明显。甚至连用多边形面近似球体的Normal渲染模式结合比较高的Sphere Resolution都看着更圆。改正交视角时球面形状正常，但又回到上段所述问题。

这俩异常除在图形窗口观察到外也在Snapshot (VMD OpenGL window)截图所得图像中出现，而用Tachyon渲染所得图像中不出现，如图1所示。


图1 GLSL模式下，甲烷分子以VDW模式、Glass2材质显示于(a)正交视角截图，(b)透视视角截图，(c)正交视角渲染，(d)透视视角渲染。

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问题4：GLSL下Points无法显示

除VDW和CPK外，Points也可以把原子显示为圆或球形。手册6.1.5节说，Points会把每个原子画成一点，而当VMD的Rendermode设为GLSL时，Points会渲染出填充空间的球体，尺寸正比于Size参数。在Normal渲染模式下，可以看到原子画成纯色填充无阴影平面圆形，大小在Size调到20时达到最大；然而切换GLSL渲染模式后，图形窗口中并未画出填充空间的球体，更改材质、调整尺寸等操作没有明显变化，Points显示与否没有任何差别。（渲染更不用说了，已知Tachyon渲染不能体现Points尺寸，就算有变化也很难观察。）