求助，QE跑MD任务时，如何跑出xyz轨迹文件？

不会扣篮的后卫

大家好，我在用网上的环己烷boat.in,跑QE的MD任务时，成功跑出了boat.out等输出文件。

但是并没有得到网上的xyz轨迹输出文件(附上xyz轨迹文件的截图)。

请问各位老师，同学，这个xyz轨迹文件是不是需要一个命令读取boat.out文件来生成的？（附上相关的输入，输出文件）

卡开发发

这应该是ext-xyz的格式，理论上可以用python的ase来对qe的out进行处理，但是需要小心，qe不同的版本输出做的相当激进，以至于新版本（qe7）的格式未必所有情况都能被ase处理（如自旋极化会遇到mag解析不了以及DFT+U也会出问题）。

不会扣篮的后卫

卡开发发 发表于 2024-2-3 15:50
这应该是ext-xyz的格式，理论上可以用python的ase来对qe的out进行处理，但是需要小心，qe不同的版本输出做 ...

谢谢老师的建议！

卡开发发

不会扣篮的后卫 发表于 2024-2-4 11:42
谢谢老师的建议！

还有一种办法，qe的pw的一般会给pwo2xsf，然后用这个转换成axsf，这个格式再去用ase转换到ext-xyz我感觉问题可能少一点。

不会扣篮的后卫

卡开发发 发表于 2024-2-4 11:48
还有一种办法，qe的pw的一般会给pwo2xsf，然后用这个转换成axsf，这个格式再去用ase转换到ext-xyz我感觉 ...

感谢老师的补充。
老师，我在使用pwo2xsf.sh把输出文件boat.out读取，

1. bash pwo2xsf.sh --animxsf boat.out>> boat_new.out

复制代码

得到了boat_new.out。

新的问题，我在使用python的ase转换这个boat_new.out，出现了报错，请问老师这个boat_new.out符合axsf格式吗？
(附上相关文件,P.S.我按照老师您之前的第一条回复，成功得到了ext-xyz的格式)

卡开发发

不会扣篮的后卫 发表于 2024-2-5 13:40
感谢老师的补充。
老师，我在使用pwo2xsf.sh把输出文件boat.out读取，
得到了boat_new.out。

存在两处问题：
1、ase识别文件的机制是通过扩展名，什么尾缀相应就调哪个函数来读取对应的格式。pwo2xsf的操作其实是将qe的out文件转为xsf格式（如果是轨迹应该是axsf，但尾缀也应当写成xsf）。然后再通ase convert xxx.xsf [目标格式]，这个目标格式可以是xyz或更多格式。
2、我不确定这个文件是你后复制到文本中还是产生出来就这样。对于你上传的文件读取的时候编码不是utf-8（这个可以找一个文本编辑器来看下编码格式），然后可以用用如下脚本：

1. f=open('boat_new.out',encoding='utf-16',errors='ignore')
   
2. data=f.read()
   
3. f.close()
   
4. f=open('boat_new.xsf','w+')
   
5. f.write(data)
   
6. f.close()

复制代码

然后再用ase转换即可。我建议最好检查一下ase转换的结果是否正确，比如晶胞信息，如果还不行只能手动解析一下。

不会扣篮的后卫

卡开发发 发表于 2024-2-5 19:26
存在两处问题：
1、ase识别文件的机制是通过扩展名，什么尾缀相应就调哪个函数来读取对应的格式。pwo2xs ...

感谢老师的建议，我使用您给的代码，转换流程，成功得到xyz文件！boat_new.out是产生出来就这样。我发现来自于网上的export_trajectory.py，是只用于通过读取QE的MD输出文件，结合ase，直接生成ext-xyz文件，跳过了中间步骤（生成xxx.xsf文件）。(P.S.附上export_trajectory.py)

卡开发发

不会扣篮的后卫 发表于 2024-2-7 11:52
感谢老师的建议，我使用您给的代码，转换流程，成功得到xyz文件！boat_new.out是产生出来就这样。我发现 ...

1、网上这个python脚本其实只是把io的过程用argparse重新折腾了一下，他的实际用法是：
python3 export_trajectory.py -f boat.out -o trajectory.xyz --trim N，其中N是截取的image的位置。

2、这个脚本实际是完全多余的，因为你这个体系可能直接ase convert boat.out boat.xyz就能得到，如果要分割可以用-s的参数（详细可以参考ase convert --help）

3、这两种做法的问题是，如果遇到我上面说的问题很可能仍然解决不了（也就是前面说的磁矩等问题），这是因为QE的团队自身比较激进对out输出做了一些不那么向前兼容的调整，导致其他后处理程序可能会失效，当时猜xsf可能不会改的那么离谱，所以其实还是建议xsf。

4、out转换到xsf的应该可以通过pwo2xsf或者qeout2axsf，后者我没测试过，转成utf16的原因我不太清楚。除了上述方法理论上你也可以用shell的iconv去转换。

aff

不会扣篮的后卫 发表于 2024-2-7 11:52
感谢老师的建议，我使用您给的代码，转换流程，成功得到xyz文件！boat_new.out是产生出来就这样。我发现 ...

请问如何结合ase生成ext-xyz文件呢？ 我尝试使用ase convert，但是显示     ase convert new.out new.xyz
        
SyntaxError: invalid syntax 显示识别不了convert