用vmd画的rdf图是折线图

pg-zhd · 发表于 Post on 2024-8-21 09:36:28

本帖最后由 pg-zhd 于 2024-8-21 10:26 编辑

我的体系中有10个C10的烯烃，4000个DMF溶剂，我想统计C10周围的DCM的rdf，为什么算出来的rdf感觉特别丑，跟折线图一样，我选择的是其中一个C10来统计的。

我在VMD导入的是MD模拟的最后一帧（我的vmd是win版的）。

丁越 · 发表于 Post on 2024-8-21 10:17:45

vmd的rdf只能算组内所有原子的rdf，所以这种情况下你的C10烯烃和DMF的每个原子都对rdf产生贡献，就可能产生这种多种峰的图。

这种情况下最好使用gmx的rdf工具计算两个组内分子质心间的rdf，选择计算组和参考组时只统计质心就完事了。

pg-zhd · 发表于 Post on 2024-8-21 10:27:17

丁越发表于 2024-8-21 10:17
vmd的rdf只能算组内所有原子的rdf，所以这种情况下你的C10烯烃和DMF的每个原子都对rdf产生贡献，就可能产生 ...

感谢，我去了解一下

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