乙酸甲酯和500CO2分子，npt模拟后盒子变得异常大

1367

各位老师同学好，我在尝试使用gromacs去分析空间分布函数，根据论坛中相关帖子，我构建了一个体系含有一个乙酸甲酯和500CO2分子，想看一下CO2分子在乙酸甲酯周围的SDF图，但是在进行npt平衡的时候，盒子变得异常的大，想问一下这是什么情况，之前跑多个乙酸乙酯+CO2的体系的时候并没有这种情况，关于CO2模型使用的是论坛sob老师给的EPM2参数模型，以下是我的一些npt参数文件，希望大家可以给予一定指导，多谢！

1. integrator  = md      
   
2. nsteps      = 2000000     
   
3. dt          = 0.002     
   
4. ; Output control
   
5. nstxout     = 10000     
   
6. nstvout     = 10000      
   
7. nstenergy   = 10000     
   
8. nstlog      = 10000      
   
9. ; Bond parameters
   
10. continuation            = no   
    
11. constraint_algorithm    = lincs   
    
12. constraints             = h-bonds
    
13. lincs_iter              = 1      
    
14. lincs_order             = 4   
    
15. ; Neighborsearching
    
16. cutoff-scheme   = Verlet
    
17. ns_type         = grid     
    
18. nstlist         = 10      
    
19. rcoulomb        = 1   
    
20. rvdw            = 1  
    
21. ; Electrostatics
    
22. coulombtype     = PME      
    
23. pme_order       = 4      
    
24. fourierspacing  = 0.12     
    
25. ; Temperature coupling is on
    
26. tcoupl      = V-rescale         
    
27. tc-grps     =system   
    
28. tau_t       = 0.4               
    
29. ref_t       = 253
    
30. annealing              = single
    
31. annealing-npoints = 2
    
32. annealing-time      = 0  500
    
33. annealing-temp     =0  253
    
34.            
    
35. ; Pressure coupling is off
    
36. pcoupl              = berendsen  
    
37. pcoupltype          = isotropic         
    
38. tau_p               = 2.0            
    
39. ref_p               = 10                 
    
40. compressibility     = 4.5e-5            
    
41. refcoord_scaling    = no
    
42. ; Periodic boundary conditions
    
43. pbc     = xyz     
    
44. DispCorr    = EnerPres  
    
45. gen_vel     = no   
    

复制代码

Seyilaxa

253K是不是超过二氧化碳的气化点了

sobereva

当前温度已经超过了常压下CO2的沸点，自然会这样
当CO2的比例相对很小的情况，分子间相互作用会导致不会出现这种情况

1367

Seyilaxa 发表于 2024-8-23 00:51
253K是不是超过二氧化碳的气化点了

多谢指导

1367

sobereva 发表于 2024-8-23 09:28
当前温度已经超过了常压下CO2的沸点，自然会这样
当CO2的比例相对很小的情况，分子间相互作用会导致不会出 ...

首先感谢sob老师指导，在请问一下这种情况下想分析CO2分子在某种溶剂中的空间分布函数应该如何去做，我是否可以把之前的轨迹用来分析，就是含有多个溶剂分子+CO2，分析的方法还是按照将某个溶剂分子置于中心

sobereva

1367 发表于 2024-8-23 09:49
首先感谢sob老师指导，在请问一下这种情况下想分析CO2分子在某种溶剂中的空间分布函数应该如何去做，我是 ...

看具体考察什么
如果想考察MD过程中CO2在整个盒子里的分布，不需要将溶剂分子置于中心
如果要考察某个溶剂分子周围CO2的分布，应当将相应溶剂分子居中再计算CO2的sdf