如何模拟酸碱性环境？

xmh · 发表于 Post on 2021-7-13 21:52:58

请问各位老师，模拟酸碱性环境是用质子化和羟基近似吗，那么带的电荷如何表示呢，还有如何计算体系的pH？请老师指点，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 15:15:24

问诸如“计算体系的pH”先说清楚是什么体系

不同pH情况下体系存在形态可能不一样，把模型设得和实际pH下应有的形态一致

xmh · 发表于 Post on 2021-7-14 17:27:24

sobereva 发表于 2021-7-14 15:15
问诸如“计算体系的pH”先说清楚是什么体系

不同pH情况下体系存在形态可能不一样，把模型设得和实际pH下 ...

好的，抱歉，老师。
1.我理解是根据实际pH下表征到的材料形态构建理论模拟所需的模型吗。
2.那么因为我是纯模拟计算，不做实验，是不是这种具体的模型就比较麻烦？
3.这样的话，那只考虑酸碱性，是用质子和羟基近似么，它们的电荷如何考虑。
刚上手的小白，问题比较多，麻烦老师了，谢谢老师指点。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 18:13:58

xmh 发表于 2021-7-14 17:27
好的，抱歉，老师。
1.我理解是根据实际pH下表征到的材料形态构建理论模拟所需的模型吗。
2.那么因为我 ...

1 是
2 看情况
3 仔细看我前面的回复。不结合具体问题没法准确跟你说

xmh · 发表于 Post on 2021-7-14 19:20:55

sobereva 发表于 2021-7-14 18:13
1 是
2 看情况
3 仔细看我前面的回复。不结合具体问题没法准确跟你说

谢谢老师。
我要做的是探究酸性下MN4活性较差原因，不知道如何模拟这个酸性环境。

xmh · 发表于 Post on 2021-7-14 19:28:39

xmh 发表于 2021-7-14 19:20
谢谢老师。
我要做的是探究酸性下MN4活性较差原因，不知道如何模拟这个酸性环境。

高斯手册里可以用溶剂化设置溶剂，里面有一些酸性溶液，可以设置这个模拟酸性环境么

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 22:44:47

xmh 发表于 2021-7-14 19:28
高斯手册里可以用溶剂化设置溶剂，里面有一些酸性溶液，可以设置这个模拟酸性环境么

不能
搞清楚隐式溶剂模型的原理。只不过体现一个有特定介电常数的连续介质罢了

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 22:45:14

xmh 发表于 2021-7-14 19:20
谢谢老师。
我要做的是探究酸性下MN4活性较差原因，不知道如何模拟这个酸性环境。

不要用特定领域的人才可能懂的缩写

xmh · 发表于 Post on 2021-7-15 09:28:05

好的，不好意思。
是Co与N四配位形成CoN4 支撑体是石墨烯。

xmh · 发表于 Post on 2021-7-15 22:17:07

请看到的老师指点下，谢谢
这是CoN4吸附OOH的模型，（未优化，示意用的）需要做个酸性环境下的对比，我放了两个H3O+ 可以模拟么，不能的话，有其他方法么？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-18 01:27:54

xmh 发表于 2021-7-15 22:17
请看到的老师指点下，谢谢
这是CoN4吸附OOH的模型，（未优化，示意用的）需要做个酸性环境下的对比，我放 ...

如果酸性环境下体系的质子化态和中性时一样，优化时就不需要特意考虑“酸性”这个条件，也不需要加H3O+

qaqfdmmj · 发表于 Post on 2024-8-22 14:48:19

sobereva 发表于 2021-7-18 01:27
如果酸性环境下体系的质子化态和中性时一样，优化时就不需要特意考虑“酸性”这个条件，也不需要加H3O+

sob老师好，我是研究配合物在酸性条件下的性质，配体的质子化态和与pH有较大的联系，请问这种情况我应该用显式溶剂模型放上合适比例的水分子和水合氢离子包裹目标配合物吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-23 09:09:13

配合物的质子化态，和周围加上水合氢离子，完全是两码事
诸如酚酞，不同pH环境下的自身结构就明显不同，根本不是靠周围加水合氢离子来体现的

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[VASP] 如何模拟酸碱性环境？