求助：gmx hbond计算结果大于实际结果

chanchan · 发表于 Post on 2024-8-27 10:48:22

本帖最后由 chanchan 于 2024-8-27 11:13 编辑

各位老师好，我在使用gmx hbond计算磷脂膜于水分子形成的氢键数量时，得到的结果远超于实际结果。因为我上下层一共有1152个PLPG磷脂分子，一个PLPG磷脂分子最多能形成6个氢键，那么这个体系中磷脂膜能与水分子形成的最大氢键数量是6912，但是我这里的计算结果平均值都达到了9908.275，远超实际值。
我使用的命令为： gmx hbond -f md-pbc.xtc -s md.tpr -n index.ndx -num Hbond-num.xvg
请问各位老师能指导一下该如何求水分子与磷脂膜的氢键数量吗？感激不尽

chanchan · 发表于 Post on 2024-8-27 14:50:52

明白了，这需要根据氢键的定义来看

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