求助：晶体切面与小分子之间进行吸附能计算时，吸附距离如何定义

Penson

如题，我想参考文献讨论slab与所吸附分子之间进行结构优化后的吸附距离，文献有看到过slab和一个原子之间的吸附距离（https://doi.org/10.1039/d0ee00723d），这个就比较好理解；如果分子上面吸附的是一个含有几个甚至数十个原子组成的小分子，是否可以定义吸附距离这一概念呢？


图摘自上文链接论文（Energy Environ. Sci., 2020,13, 2839-2848）

冰释之川

如果小分子不具有平面性，很难定义吸附距离

Penson

冰释之川 发表于 2021-1-25 09:46
如果小分子不具有平面性，很难定义吸附距离

好的，了解，谢谢。我在想是否有可以定义一个分子的物理位置中心的方法，类似于物理中定义质心的策略。

冰释之川

Penson 发表于 2021-1-25 09:56
好的，了解，谢谢。我在想是否有可以定义一个分子的物理位置中心的方法，类似于物理中定义质心的策略。

可以考虑选择小分子中离表面最近的原子

Penson

冰释之川 发表于 2021-1-25 10:10
你是指质心么？ 或者分子中离表面最近的原子？

是的，类似，但是又不确定这样定义是否站得住脚。因为一个含有多个原子的分子，应该可以根据其原子的分布定义一个几何中心吧？

Penson

冰释之川 发表于 2021-1-25 10:10
可以考虑选择小分子中离表面最近的原子

好的，明白，谢谢！

只怪自己不聪明

Penson 发表于 2021-1-25 10:16
好的，明白，谢谢！

楼主，能在明确解释一下是怎么一回事吗？

Penson

只怪自己不聪明 发表于 2021-1-28 15:33
楼主，能在明确解释一下是怎么一回事吗？

就是说，假如对一个晶体切面计算吸附一个包含多个原子的分子模型时，是否有定义吸附距离的标准方法，可能可以考虑计算距离切面最近的原子当作这一吸附距离

只怪自己不聪明

Penson 发表于 2021-1-28 21:15
就是说，假如对一个晶体切面计算吸附一个包含多个原子的分子模型时，是否有定义吸附距离的标准方法，可能 ...

理解了，就是多原子分子吸附在表面后的一个吸附距离的定义，谢谢楼主。

Penson

只怪自己不聪明 发表于 2021-1-29 09:45
理解了，就是多原子分子吸附在表面后的一个吸附距离的定义，谢谢楼主。

这暂时只是我们两人的看法，不具有普适性和权威性哈

chuxuedexiaobai

Penson 发表于 2021-1-28 21:15
就是说，假如对一个晶体切面计算吸附一个包含多个原子的分子模型时，是否有定义吸附距离的标准方法，可能 ...

您好，我想问一下，就是这种吸附表面，计算吸附分子和表面的距离时一般用什么指令呢，目前有gmx distance,gmx mindist，gmx pairs。而且在计算分子到表面的距离时是把表面建成一个组考虑他的质心和吸附分子的距离吗

Penson

chuxuedexiaobai 发表于 2024-7-4 11:05
您好，我想问一下，就是这种吸附表面，计算吸附分子和表面的距离时一般用什么指令呢，目前有gmx distance ...

你说的应该是分子动力学模拟稳定后的一些相关指令，本贴讨论的主要是第一性原理计算表面吸附模型的相关问题