求助：偏置势是什么，该如何理解？

HuangYiF

如题

chands

偏置势就是人为地在体系中加一项势能。假如体系原来的势能是V(X1, X2, ..., Xn...)，现在加一项V1(X1, X2, ..., Xn...)，使得总势能为Vtot= V + V1。
例如不想分子跑到某个地方去，就在这个地方加一项很高的势能，使得分子过不去。
增强采样也是加偏置势，比如伞型采样。【转载】杂谈自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

八力八力卜

请问老师，在MD模拟过程中 我如果不加偏置势进行采样的话，在沿着反应路径SMD之后截取了足够的window的初始configuration，然后进行在每个window进行独立的MD。我感觉最后的结果是：势垒区域的概率密度就很低会接近于零 最后得到的自由能值就是无穷高，那这样的话还是能够找到最低的自由能点呀，所以是不是不加偏置势也可以呢。