拉伸动力学模拟--恒速和恒力模式选择问题

zhao--123

通过拉伸动力学模拟去模拟蛋白在材料表面的脱附，可以选取有恒速和恒力两种方式，为什么大多数文献中均是选择恒速，而不选择恒力呢？理由是什么呢？谢谢大家！

fhh2626

NAMD官网那个教程过时了，SMD要用Colvars里面的Harmonic restraints来做，可以沿任意反应坐标进行拉伸

恒速拉伸是因为要计算沿反应坐标做功的变化，恒力拉伸没用，Colvars压根也没提供这个功能

hangmint

fhh2626 发表于 2020-6-22 11:41
NAMD官网那个教程过时了，SMD要用Colvars里面的Harmonic restraints来做，可以沿任意反应坐标进行拉伸

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我一直在疑惑，既然namd的SMD是恒速牵拉，为什么，实际计算的每一步的dx，并不能达到v*step，那既然这样还是恒速牵拉吗？

fhh2626

hangmint 发表于 2023-6-26 17:11
我一直在疑惑，既然namd的SMD是恒速牵拉，为什么，实际计算的每一步的dx，并不能达到v*step，那既然这样 ...

恒速牵拉不是指真实的原子恒速，而是匀速移动一个和真实原子以轻弹簧相连的extended DOF。

hangmint

hangmint 发表于 2023-6-26 17:11
我一直在疑惑，既然namd的SMD是恒速牵拉，为什么，实际计算的每一步的dx，并不能达到v*step，那既然这样 ...

感谢您的回复，我看了namd smd，中关于SMD介绍。

huhq

蛋白质SMD拉伸的目的是和实验结合说明影响蛋白质解折叠的机理，但解折叠中的有些过程发生的太快，如中间态，通过恒速拉伸下发现不了，而在恒力拉伸下可以明显观察到，SMD理论并不存在过时不过时的问题。只是个人理解，仅供参考。

abing

fhh2626 发表于 2020-6-22 11:41
NAMD官网那个教程过时了，SMD要用Colvars里面的Harmonic restraints来做，可以沿任意反应坐标进行拉伸

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老师和您请教一下：
1、我看到NAMD手册中有介绍到SMD和Harmonic Constraints区别就是SMD中原子的质心受到限制，以恒定速度移动。Harmonic Constrains是被标记的原子在三维方向上都受到了约束。这两种方式有什么区别嘛，SMD也是可以定义矢量方向的。
2、我在进行SMD模拟时，在模拟过程中被标记的原子会出现沿轨迹上下震动的现象，整体的趋势还是做匀速运动。这就是您提到的原子通过轻弹簧连接引起的嘛，是正常现象吗。
3、我在使用NAMD的constantforce模块时，定义了标记原子的occupancy值以及x y z 矢量坐标。我是想沿着Z方向进行恒力拉伸，于是设置为 {0 0 -1}，并采用constraints模块给标记原子加上了x y方向的运动限制。计算时就出现了High global CUDA exclusion count! ..... System unstable or pairlistdist or cutoff to close to periodic cell size 的报错。
老师有时间的话可以指点一下嘛。