求助聚合物水混合体系每个水分子的氢键数目的问题

mgqqlwq · 发表于 Post on 2024-5-18 05:16:31

我的体系是一种聚合物加一定数目的水分子，通过Gromacs的 gmx hbond 得到的结果，水分子比较少的时候，每个水分子可以和聚合物形成的氢键数目大于2（2.2-2.4的样子）。

我自己查了下，理论上每个水分子可以形成4个氢键（2个给体和2个受体），所以似乎我的结果是说的通的。

用的是最简单的选项gmx hbond -f *.xtc -s *.tpr -num，没有加其他选项。

但是每个水分子和聚合物形成多于2个氢键的结果还是被老板质疑了，请教下大家，觉得我这个结果是否合理呢？

保险起见，还是想再发帖问问。先谢谢啦！

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-19 10:31:39

在没有操作和计算逻辑上的错误时，算出来是什么就是什么

mgqqlwq · 发表于 Post on 2024-10-23 04:57:04

Seyilaxa 发表于 2024-5-19 10:31
在没有操作和计算逻辑上的错误时，算出来是什么就是什么

谢谢您！抱歉之前忘记回复了

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[GROMACS] 求助聚合物水混合体系每个水分子的氢键数目的问题