画分子轨道图如何删除、透明化或给特定原子加圆圈

BinWang · 发表于 Post on 2024-9-4 10:30:34

各位老师大家好：
我用Sob老师的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html，http://sobereva.com/447#:~:text= ... %E7%9A%84%E6%98%AFW里相关的方法，利用Multiwfn产生了一批分子轨道的Cube文件，画出了漂亮的分子轨道图。但是我老板要求画出来的图要删掉氢原子，或者将氢原子透明化处理，还要将原子上面加上小圆圈（如图所示），这个该怎么处理啊？我琢磨VMD好久了就是想不出来合适的方法。哪位老师能给点提示啊？

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-4 11:03:13

在 VMD 中，如果要删除氢原子，可以在 VMD 的 Selected Atoms 输入 not hydrogen 就可以了

另外，你截图的风格明显不是 VMD，这种风格应该是 CYLview 的效果（原子球状模型上有大圆显示）

BinWang · 发表于 Post on 2024-9-4 11:37:21

乐平发表于 2024-9-4 11:03
在 VMD 中，如果要删除氢原子，可以在 VMD 的 Selected Atoms 输入 not hydrogen 就可以了

另外，你截图 ...

非常感谢老师的回复，那个图确实是cylview画的，我想在vmd上也给原子加圈

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-4 11:55:25

看下文了解VMD的选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

建立一个rep，对所有原子用Transparent材质显示。再建立一个rep，设成非氢部分，照常用Opaque材质显示

BinWang · 发表于 Post on 2024-9-4 12:21:14

sobereva 发表于 2024-9-4 11:55
看下文了解VMD的选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci. ...

非常感谢Sob大神的回复

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-4 12:22:43

BinWang 发表于 2024-9-4 11:37
非常感谢老师的回复，那个图确实是cylview画的，我想在vmd上也给原子加圈

干嘛要加圈…… 完全没必要啊，你老师也真是……

BinWang · 发表于 Post on 2024-9-4 12:31:49

乐平发表于 2024-9-4 12:22
干嘛要加圈…… 完全没必要啊，你老师也真是……

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[建模与可视化] 画分子轨道图如何删除、透明化或给特定原子加圆圈