Gaussian计算去质子后能垒大小不合理

Chemy · 发表于 Post on 2024-9-5 12:09:41

各位老师好，我在用Gaussian16计算[A+BH]的体系，之后需要去质子形成[A+B]，但这一步的能垒达到163 kcal/mol,这是完全不合理的。
我是用B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d,p)/SMD-DMSO结构优化频率分析得到吉布斯校正能corr-G，再用M06-2X-D3/def2-tzvp/SMD-DMSO计算单点能E。用corr-G+E计算出G，再把[A+BH]和[A+B]+[H+]的G值相减换算，得到的163 kcal/mol。其中质子也是用同样的泛函基组和隐式溶剂模型优化、单点能计算。不知道问题在哪？

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-5 12:29:00

最好能提供一下输入文件或者日志文件

Chemy · 发表于 Post on 2024-9-5 14:19:46

Loading0760 发表于 2024-9-5 12:29
最好能提供一下输入文件或者日志文件

感谢老师回复，原子坐标保密了，删掉坐标后输入文件都如下：
结构优化：
%mem=128GB
%nprocshared=32
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=dmso) em=gd3bj temperature=303
单点能计算：
%mem=128GB
%nprocshared=32
# m062x/def2tzvp scrf=(smd,solvent=dmso) em=gd3 temperature=303

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-5 14:56:26

[A+BH]是两个化合物在一个输入文件吗
同理[A+B]呢?计算差的时候考虑了[H+]部分吗

Chemy · 发表于 Post on 2024-9-5 15:07:51

Loading0760 发表于 2024-9-5 14:56
[A+BH]是两个化合物在一个输入文件吗
同理[A+B]呢?计算差的时候考虑了[H+]部分吗

[A+BH]是在一个输入文件，是A和BH两个片段环加成后的产物，[A+B]也是在一个输入文件里，对环加成的另一个B片段去质子。计算差的时候分别计算了[A+B]和[H+]两个输入文件，将他俩之和减去[A+BH]的能量得到的能垒。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 21:37:41

隐式溶剂模型算H+的溶解自由能完全不准，下文说了。这会造成极大误差
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

Chemy · 发表于 Post on 2024-9-5 22:57:48

sobereva 发表于 2024-9-5 21:37
隐式溶剂模型算H+的溶解自由能完全不准，下文说了。这会造成极大误差
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系 ...

非常感谢sob老师的回复，那请问如果我想计算该反应的能垒，应该如何考虑H+的自由能？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-6 00:09:09

Chemy 发表于 2024-9-5 22:57
非常感谢sob老师的回复，那请问如果我想计算该反应的能垒，应该如何考虑H+的自由能？

博文里“(8)关于单原子离子的溶解自由能的计算”部分说了

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[新手求助] Gaussian计算去质子后能垒大小不合理