计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 591|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 非均匀电场下分子动力学的模拟问题

[复制链接 Copy URL]

46

帖子

0

威望

380

eV
积分
426

Level 3 能力者

大家好,我们对于图1所示的体系进行分子动力学模拟,想要观察到体系中的氯离子在非均匀电场下的运动。
我们的想法是通过对于金电极一端施加正电荷一端施加负电荷,从而形成非均匀电场。然后固定体系中DNA,电极,小分子的位置,体系中只有氯离子可以动。
但是我们在进行MD时,通过不同组之间的相互作用分析发现,氯离子只是在一开始与金属电极存在相互作用,后面的相互作用均为0.(其中金属电极的gromacs力场参数来源于在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程(含视频) - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
请问大家是我们的参数设置的有问题吗?

202409201918089326..png (94.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202409201918089326..png

em.mdp

568 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

md.mdp

704 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

topol.top

1.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-9-20 19:37:41 | 只看该作者 Only view this author
说具体“相互作用分析”具体指什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

37

eV
积分
39

Level 2 能力者

3#
发表于 Post on 2024-9-20 21:11:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 周晨 于 2024-9-20 21:12 编辑
sobereva 发表于 2024-9-20 19:37
说具体“相互作用分析”具体指什么

sob老师,这个主要是分析静电相互作用,定义能量组之后rerun轨迹,然后分析氯离子组与金锥电极组之间的非键相互作用。


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-9-20 22:24:00 | 只看该作者 Only view this author
周晨 发表于 2024-9-20 21:11
sob老师,这个主要是分析静电相互作用,定义能量组之后rerun轨迹,然后分析氯离子组与金锥电极组之间的非 ...

检查作用能随距离的变化,如果是逐渐平滑减小的,说明距离太远导致作用已经微弱了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-17 20:06 , Processed in 0.201249 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list