xtb跑MD时如何每步输出molden.inp文件

chema · 发表于 Post on 2021-1-9 11:40:25

各位老师好，小弟最近在用xtb跑动力学，发现有反应的发生，然后想参考《通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程》（http://sobereva.com/200）分析一下反应过程。发现写上--molden关键词后只输出了一个molden.inp文件。想咨询下各位老师，xtb能否每步都输出molden.inp文件呢？

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-1-9 13:12:13

本帖最后由冰释之川于 2021-1-9 13:18 编辑

跑动力学后会有轨迹文件，你从中抽出若干帧批量算单点即可

(写个小脚本)

chema · 发表于 Post on 2021-1-9 14:23:10

冰释之川发表于 2021-1-9 13:12
跑动力学后会有轨迹文件，你从中抽出若干帧批量算单点即可 (写个小脚本)

太牛了，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-9 17:11:13

顺带一提，GFN-xTB的波函数质量不太高（比如对于个别情况，甚至该有键临界点的地方居然没有），如果发现用Multiwfn做分析的结果不理想，建议再用DFT算各帧的波函数进行分析

chema · 发表于 Post on 2021-1-9 18:17:47

sobereva 发表于 2021-1-9 17:11
顺带一提，GFN-xTB的波函数质量不太高（比如对于个别情况，甚至该有键临界点的地方居然没有），如果发现用M ...

好的，非常感谢老师的建议

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2023-11-14 21:57:13

请问在win上跑xtb的命令是啥啊？您知道吗？或者在linux上跑的命令是啥啊？我想借鉴一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-11-14 23:17:35

嘤嘤嘤发表于 2023-11-14 14:57
请问在win上跑xtb的命令是啥啊？您知道吗？或者在linux上跑的命令是啥啊？我想借鉴一下

https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/setup.html#

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2023-11-15 09:04:48

wzkchem5 发表于 2023-11-14 23:17
https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/setup.html#

谢谢苹果老师

zhangs · 发表于 Post on 2024-9-26 19:24:48

大佬，请问这个问题你会处理了吗

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