MD模拟完后RMSD分析曲线突跃和微塑料分子部分跑出水盒子，与缺少退火步骤是否有关？

fenghua · 发表于 Post on 2024-8-2 16:45:19

本帖最后由 fenghua 于 2024-8-3 18:41 编辑

各位老师好，我做的微塑料分子模拟吸附体系有两个，微塑料聚合度都为20，一个是10条链的微塑料和1个吸附对象；另一个是30条链的塑料和1各吸附对象，都是纯水体系，盒子尺寸是10x10x10nm3，力场是GROMOSS54a7，各自微塑料和吸附对象的均方根偏差RMSD分析，都有振荡不同程度的大振荡，而且各自跑完50ns动力学后发现两者的塑料分子都有不同程度的跑出水盒子，30条链的体系有很多鼓泡，

如图所示：

我的微塑料和吸附对象都是Gaussian优化完后就直接进行动力学模拟，期间没有进行控温退火的步骤，我想是不是缺了这步骤导致的，下面是我的NVT平衡时的.mdp文件：

nvt - 副本.mdp (1.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) ，是不是得优先单独对微塑料聚合物进行退火，然后依次加入后面的吸附对象和水溶剂，还是把微塑料和吸附对象一起在水环境下进行控温退火，最后我这力场用的合不合适？希望获得各位老师指导和建议。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-8-3 14:35:28

平衡相退火只是为了消除起始的不合理结构，防止模拟崩溃，不会对RMSD的计算有太大的影响
RMSD曲线的突跃是计算RMSD前没有消除PBC导致分子跨越盒子边缘导致的
如果分子过大（像右边的图）导致分子总是不可避免地会跨越盒子边缘，则要考虑模拟时增加盒子的体积

fenghua · 发表于 Post on 2024-8-3 18:38:13

Seyilaxa 发表于 2024-8-3 14:35
平衡相退火只是为了消除起始的不合理结构，防止模拟崩溃，不会对RMSD的计算有太大的影响
RMSD曲线的突跃是 ...

是这样子的，在做RMSD曲线时我的命令是：gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc mol -o new.xtc 和 gmx rms -s md.tpr -f new.xtc -o rmsd.xvg -tu ns 然后跑出来曲线就是这样子突跃，有啥需要改的吗?
然后，我看sob老师的"光是用-pbc mol保持单分子完整的话此对象的不同部分还是分家的，对这种情况需要用gmx trjconv结合-pbc cluster让指定的组在轨迹中一直保持完整，组的定义就对应于你要计算的RMSD的对象，比如塑料+药的RMSD"这个建议，我不太会敲，然后我就把上面命令改成”gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc cluster -o new.xtc",选择塑料+药执行“gmx rms -s md.tpr -f new.xtc -o rmsd.xvg -tu ns”然后就报错为
"Fatal error:
Molecule in topology has atom numbers below and above natoms (41).
You are probably trying to use a trajectory which does not match the first 41atoms of the run input file.
You can make a matching run input file with gmx convert-tpr."
是不是我操作有误，怎么改进

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-8-3 20:51:08

fenghua 发表于 2024-8-3 18:38
是这样子的，在做RMSD曲线时我的命令是：gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc mol -o new.xtc 和 ...

这个报错一般是原子不匹配导致的
你在第一步gmx trjconv处理轨迹的时候选择输出的是什么

lyan66 · 发表于 Post on 2024-9-4 14:58:26

请问你这个解决了吗

雨中宇 · 发表于 Post on 2024-9-28 15:20:31

Seyilaxa 发表于 2024-8-3 20:51
这个报错一般是原子不匹配导致的
你在第一步gmx trjconv处理轨迹的时候选择输出的是什么

请问我的也出现蛋白质和配体跨越盒子的问题，使用了-pbc cluster命令，将蛋白质和配体作为一个整体组，在两步选择过程中都选择protein_MOL,然后分析RMSD在170-200 ns过程中还是有曲线突越，请问这样单纯增加盒子大小可以吗

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-9-28 15:59:14

雨中宇发表于 2024-9-28 15:20
请问我的也出现蛋白质和配体跨越盒子的问题，使用了-pbc cluster命令，将蛋白质和配体作为一个整体组，在 ...

增加盒子体积不解决问题。我不知道你的具体的情况，一般流程首先确认蛋白质与配体是确确实实发生了分离，还是只是由于PBC导致配体和蛋白被分到了盒子两边。如果是前者那是模拟的问题，与轨迹处理无关；如果是后者，一定有合适的方法能恰当处理PBC使蛋白和配体始终居中，多尝试即可

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