Amber parameter database中GDP/ADP参数获取异常

byqyb · 发表于 Post on 2023-3-28 22:45:09

想请教一下使用amber进行MD过程中，GDP/ADP参数获取的问题：我从amber parameter database里下载了GDP的prep和frcmod文件，想要根据prep转成的mol2、或pdb文件修改我自己的GDP分子的原子名和原子顺序。但是prep生成的结构非常异常：

pdb结构

mol2结构

我同样也尝试了该数据库ATP/GTP,GDP的参数，发现ATP/GTP结构均正常可以使用，但ADP和GDP一样显示异常。
请问各位老师有什么解决方案吗？或者有其他的途径可以获取GDP、ADP的参数吗？

rpestana94 · 发表于 Post on 2023-3-29 00:28:11

This is weird because I just tried with ATP from the files from http://amber.manchester.ac.uk/ and it work and leap manage to create the parm7 and rst7 file for ATP, and looks fine.

I use:
antechamber -fi prepi -i atp.prep -fo mol2 -o atp.mol2 -at gaff -pf y

byqyb · 发表于 Post on 2023-3-29 10:24:12

rpestana94 发表于 2023-3-29 00:28
This is weird because I just tried with ATP from the files from http://amber.manchester.ac.uk/ and i ...

我也是用的该命令，做ATP/GTP的确是正常的，但GDP/ADP异常

byqyb · 发表于 Post on 2023-3-30 17:17:55

该问题已解决，引入frcmod进行结构导出，再对照修改自己的文件。命令如下：
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
loadamberparams frcmod.phos
loadamberprep GDP.prep
GDP = sequence { gdp }
list
savepdb GDP GDP.pdb

分子模拟冲冲冲 · 发表于 Post on 2024-10-18 15:19:38

byqyb 发表于 2023-3-30 17:17
该问题已解决，引入frcmod进行结构导出，再对照修改自己的文件。命令如下：
source leaprc.protein.ff14SB ...

您好！我的体系中需要处理ADP分子后进行蛋白-小分子复合物体系的MD，请问存为ADP.pdb文件后使用pymol查看结构如您上述GDP的突变一样不合理，该如何进行处理？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] Amber parameter database中GDP/ADP参数获取异常