pdb2gmx怎么得到环肽的拓扑文件

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-29 16:43:01

我试了一个简单的环肽，但始终无法得到一个闭口的拓扑文件。

lyj714 · 发表于 Post on 2024-9-29 17:10:41

gmx什么版本

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-29 17:32:46

lyj714 发表于 2024-9-29 17:10
gmx什么版本

我用的http://sobereva.com/458里编辑的的windows2018.8CPU版和2020.3 CUDA GPU加速版，两个版本都输入命令>gmx pdb2gmx -f step3.pdb -o all.gro；都不行

lyj714 · 发表于 Post on 2024-9-29 20:00:26

乐乐乐发表于 2024-9-29 17:32
我用的http://sobereva.com/458里编辑的的windows2018.8CPU版和2020.3 CUDA GPU加速版，两个版本都输入命 ...

太低了，不支持。最好用2022及以后的gmx处理环肽。

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-29 20:23:20

lyj714 发表于 2024-9-29 20:00
太低了，不支持。最好用2022及以后的gmx处理环肽。

2022的能自动识别？还是说要输入特殊命令？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-9-30 11:53:06

乐乐乐发表于 2024-9-29 20:23
2022的能自动识别？还是说要输入特殊命令？

pdb文件里键连关系正确的话，用pdb2gmx自动会生成正常的拓扑

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] pdb2gmx怎么得到环肽的拓扑文件